베인의 아버지는 정부에 의해 억압된 사람들을 옹호하는 혁명가였다. 아버지는 악명 높은 페냐 두라 교도소에 수감되었지만 탈옥했고, 네 살 밖에 안 된 그의 어린 아들인 베인이 남은 형기를 대신 채워야 했다.
17년 동안 바다와 연결된 감방에서 지낸 베인은 매일 밤 지루함 속에서 조수가 밀려들어 감방을 가득 채울 때 살기 위해 수영을 해야만 했다. 세월이 흐르면서, 그는 더 강해지고, 교활해지고, 세상에 대한 증오로 가득 차게 되었다. 베인은 수시로 공부와 운동을 해가며 더 똑똑해지고, 더 강해지고 있었다.
21살에 탈옥에 성공한 그는 베인이라는 이름을 가지고 권력을 장악하기 시작했다. 산타 프리스카에 베인의 전설이 퍼지는 동안, 어둠의 광기로 가득 차 있다는 고담 시에 대한 이야기를 들었다. 베인은 고담 시를 길들이고 싶은 욕망에 사로잡혔다. 예전에 잠깐 싸운 적이 있는 배트맨이 이 도시의 보호자로 있었다.

고담을 장악하려던 조커와 리들러 사이의 전쟁이 끝난 후, 베인은 배트맨을 물리칠 계획을 가지고 미국에 왔다.
그가 아캄 정신병원의 모든 죄수들을 풀어주자, 배트맨은 그들을 다시 붙잡느라 뛰어다녀야만 했고 지쳐갔다. 베인은 이때를 노리고 배트맨과 싸워 그를 붙잡았다. 베인의 무릎 위로 내려찍기를 당한 배트맨은 척추가 부러져서 한동안 마비상태로 지내야 했으나, 나중에 건강을 회복한 배트맨은 베인을 물리쳤다.

얼마 후, 스케어크로우의 공포 독소와 베놈을 혼합한 그는 화이트 래빗의 인맥을 이용해 아캄 정신병원의 수감자들에게 공급하여 극단적으로 강화시킨 뒤, 대규모 탈옥을 일으켰다. 배트맨과 플래시는 화이트 래빗을 잡으려 했지만, 화이트 래빗이 두 히어로들에게 공포 독소를 주입했다. 플래시는 몸을 한계까지 몰아붙여 달리는 것으로 몸의 독소를 태워버렸다.
배트맨은 배후에 베인이 있음을 알게 되었고, 베인에게 붙잡혀 있던 포이즌 아이비는 해독제의 존재를 알려주었다. 배트맨은 베인에게 패해 절벽에서 떨어질 위기에 쳐했으나, 플래시의 도움으로 베인을 쓰러뜨릴 수 있었다.

베인과 그의 부하들은 핵 장치로 고담을 굴복시키려 했으나, 도시 경계선에서 올빼미 법정의 암살자들인 탤론들로부터 공격을 받았다. 그들은 “올빼미의 밤”이 계획되어 있기 때문에 주의를 분산시키는 것을 용납하지 않겠다고 경고했다. 베인은 탤론들의 팔다리를 몸에서 뜯어내며 대항했으나, 탤론들은 모두 재생능력을 갖추고 있었다.
배트맨과 탤론들이 한패라고 여긴 베인은 베놈과 공포 독소를 함께 사용하여 자신을 두려움 없이 만들었고, 이미 체내에 남아있는 약물 덕분에 평소보다 더 똑똑해질 수 있었다. 플래시와 배트맨에게 굴욕적인 패배를 당한 후에야 탤론과 배트맨이 같은 편이 아니라는 것을 알게 되었다.

절벽에서 하몬 섬 앞바다로 던져진 베인은 올빼미 법정 출신인 세바스천 클라크에게 발견되었는데, 클라크는 올빼미 법정이 그의 진정한 적이었고, 자신과 같은 적을 공유한 것이라고 설명했다. 베인은 올빼미 법정을 먼저 없애고 그 다음에 배트맨을 없애기로 결정했다. 클라크와 연합한 베인은 클라크를 배신한 탤론인 캘빈 로즈를 살해하는 것부터 시작했다.
그리고 클라크와 함께 산타 프리스카로 떠났다. 베인이 군대를 모아 산타 프리스카를 떠나려 할 때 클라크가 부활한 캘빈 로즈가 섬에 침투했음을 알렸지만, 베인은 신경 쓰지 않았고 법정을 공격하기 위해 떠나야 했다. 클라크의 돈으로 구입한 배에 군대가 승선시킨 베인은 그제서야 캘빈에게 관심을 돌렸다. 캘빈과 몇몇 동료들이 베인의 병력 일부를 쓰러뜨리자 베인은 캘빈을 직접 상대하기로 했다. 하지만 캘빈과 그의 일행은 군대를 무력화시키고 섬을 탈출해버렸다.
계획이 무너진 것에 화가 난 베인에게 클라크는 복수할 기회를 요구했지만, 아웃사이더라는 인물이 베인이 다른 방법으로도 고담을 정복할 수 있다고 주장했다. 또 다른 제안을 받은 베인은 클라크의 머리를 땅에 박고 아웃사이더에게 설명을 요구했다. 아웃사이더는 사실 지구 3에서 온 인물이었다.

지구 3에서 온 크라임 신디케이트가 세계를 장악하고 배트맨을 물리친 동안, 아캄 정신병원에 수감되었던 범죄자들은 고담을 자신들끼리 나누어 차지했다. 고담을 원한 베인은 블랙게이트 교도소의 죄수들을 모집하여 아캄 쪽의 스케어크로우와 그의 군대에 맞서 싸우게 했다. 그는 아캄의 미치광이들이 두려워하는 것은 오직 하나뿐이라는 것을 알고 배트수트를 만들어 입고 올빼미 법정이 보관해둔 언데드 탤론들을 훔쳤다. 자신에게 도전해 온 킬러 크록을 웨인 엔터프라이즈 건물 꼭대기에서 내던진 베인은 탤론 중에서 윌리엄 콥을 깨웠다. 윌리엄 콥은 아캄의 정신통제로부터 자신의 탤론 동료들을 자유롭게 해주기 위해 베인에게 합류했다. 아캄으로 향한 베인은 자신이 사용하던 베놈에 중독된 스케어크로우의 군대와 맞섰다. 그는 아캄 군대가 모두 패배할 때까지 싸워 이긴 후, 자신을 아캄 전쟁의 승자라고 선언했다. 그러나 크라임 신디케이트가 패배하고 돌아온 배트맨은 베인을 제압하고 새롭게 개조된 아캄으로 보냈다.

스펙터가 아캄에서 디콘 블랙파이어를 물리치면서 건물 전체가 무너졌을 때, 베인을 비롯한 수감자들은 그 안에 갇혔다. 베인은 브루스 웨인의 집사인 알프레드 페니워스를 구출했고, 둘은 잔해에서 벗어나려 했다. 아캄 지하의 터널에서 디콘 블랙파이어의 신도들과 마주쳐 함께 맞서 싸운 두 사람은 지하의 배트케이브 입구에 다다랐지만, 알프레드가 화학물질을 방출하는 비밀코드를 작동시켜 베인을 쓰러뜨렸다.

아캄을 탈옥한 베인은 스케어크로우로부터 베놈을 업그레이드해주겠다는 제안을 받고 협력하기로 했다. 그런데 그 뒤에 포이즌 아이비가 자신이 더 뛰어난 화학자이므로 자신과 손을 잡는다면 베놈을 업그레이드해주겠다며 접근했다. 베인과 아이비는 하수구에서 매복하며 배트맨을 기다렸는데, 베인은 자신이 아이비에게 반했다는 것을 깨달았다. 순전히 아이비의 독소에 중독되어 있었기 때문이다. 베인은 자신을 속인 죄로 아이비를 죽이겠다고 맹세했고 아이비는 도망쳤다.
둘의 파트너십이 끝이 나면서 킬로 크록에게 매복 공격을 당했다. 아캄 전쟁에서 싸운 이후 재대결 전략을 짤 시간을 가졌던 크록은 베인의 피를 뽑아내고 싶어서 혈관을 노렸다. 베인은 마침내 패배하여 하수구에 버려졌고, 배트맨이 그를 발견했을 때엔 벽에 베인의 피로 “Le Roi Est Mort, Vive Le Roi(동쪽의 왕이여, 살아 계소서)”라는 글이 쓰여 있었다.

베인은 구금된 지 얼마 되지 않아 다시 거리로 나와 언더그라운드 레슬링 토너먼트를 벌였다. 배트맨은 탈출한 모든 수감자들을 제지하고 베인을 체포한 뒤 고담의 혼란을 주도했던 주모자와 맞서기 전에 그를 새로운 임시 수용소인 아캄 저택으로 보냈다. 조커가 배트맨을 상대로 마지막 게임을 벌였을 때, 고담 시 전체가 조커 베놈의 영향을 받아 웃는 좀비처럼 변해버렸다. 제레마이어 아캄 박사가 조커로 변장해 아캄 저택의 수감자들을 모두 석방하면서 광기가 퍼졌다.
베인은 체내에 이미 고농축 베놈이 들어있는 덕분에 면역이 되어 있었으므로, 다른 범죄자들과 함께 조커화된 저택을 탈출했다. 이 그룹은 곧 배트맨 패밀리와 마주치고 말았는데, 도시가 조커에 의해 파괴되는 것을 원치 않았기 때문에 히어로들을 도와 조커화된 폭도들을 막아내는데 도움을 주었다.

배트맨과 조커가 사망한 후, 베인은 페냐 두라로 돌아와 자신이 자란 감옥을 정복하려 했다. 그러나 그가 없는 사이에 산타 프리스카는 세인트 뒤마 기사단에게 선수를 빼앗겼다. 베인이 기사단과 싸우는 중에 머더(Mother)의 음모를 조사하던 레드 후드와 레드 로빈과 마주쳤고, 이들은 공동의 적인 기사단에 맞서 팀을 이루었다. 세인트 뒤마 기사단이 분해되면서 그들의 “죽음의 천사”였던 아즈라엘은 망명했으며, 베인은 산타 프리스카를 되찾을 수 있었다.

베인은 목표를 더 넓고 크게 변경해서 세계적인 범죄제국을 건설하는 것으로 전환시켰다. 디오니소스라는 남자로부터 계획을 얻은 그는 코브라 컬트의 모든 것을 장악하려 시도했지만, 그들이 아기로 환생했다고 믿었던 코브라의 리더를 확보하지는 못했다. 그 후 코브라 컬트는 보복으로 베인의 자원과 작전을 파괴하기 시작했다.

베인은 산타 프리스카로 돌아가 다시 섬을 철권통치로 지배하기 시작했다. 자신이 자란 감옥은 요새로 삼았다. 하지만, 적을 물리치는데 베놈이 필요하지 않다는 것을 증명하기 위해 베놈 중독을 극복하려고 애썼다.
베인은 자신의 감정을 통제하기 위해 병사들을 시켜 사이코 파이럿을 납치한 후 곁에 두었다. 하지만 배트맨이 고담걸이 입은 정신적 피해를 되돌리기 위해 사이코 파이럿을 원하면서 둘 사이에 다시 충돌을 불러왔다. 베인이 사이코 파이럿을 포기하지 않을 것을 알고 있는 배트맨은 감옥을 침입하기 위해 아캄의 수감자들로 구성한 자신만의 수어사이드 스쿼드를 조직했다. 배트맨과 그의 수어사이드 스쿼드가 사이코 파이럿을 성공적으로 납치하는 과정에서 배트맨은 베인의 등을 부러뜨렸다. 격노한 베인은 다시 베놈에 의지하여 치료하면서 복수를 준비했다.

계획을 세운 베인은 고담으로 돌아와 배트맨에게 “나는 베인이다” 라는 메시지만 남겼다. 이것을 중대한 위협으로 받아들인 배트맨은 동료들에게 고담을 떠나 숨어있으라고 말하고, 사이코 파이럿을 돌려주길 거부했다. 결국 베인과 배트맨은 일대일로 싸우게 되었는데, 베인은 그를 잔혹하게 구타했다. 그리고 나서 사이코 파이럿을 데려오기 위해 아캄에 쳐들어간 베인은 배트맨이 모든 수감자들을 풀어놓은 것을 보고, 자신의 앞을 가로막는 이들에게 더 나은 대우를 약속하며 회유했다. 그들을 모두 치워버리고 사이코 파이럿에게 도착했으나 여기서 다시 배트맨과 싸웠고, 더욱 심한 공격을 가했지만 배트맨에게 제압되고 말았다.

챌린저스 마운틴과 사악한 다크 나이츠가 등장한 이후, 베인은 웃는 배트맨에 의해 풀려나서 챌린저스 마운틴을 지키는 대가로 자신의 의지로 현실을 왜곡시킬 수 있는 금속 카드를 받았다. 베인은 이 카드를 사용해서 고담의 한 구역을 슈퍼파워 격투 클럽으로 바꾸었고, 그가 선택한 빌런들은 모두 자유의지를 잃은 채 거대한 레슬러로 변했다.

베인은 플래시포인트 타임라인에서 온 토머스 웨인의 도움을 받아 브루스 웨인을 감정적, 육체적으로 무너뜨렸다. 이후 고담 전역을 점령한 그는 누구라도 고담을 해방시키려고 하면 핵폭탄을 터뜨릴 것이라고 위협하면서, 빌런들을 각 부분의 요직에 배치해 도시를 운영했다. 데미안 웨인이 몰래 도시로 들어오자, 그가 보는 앞에서 알프레드의 목을 부러뜨려 죽였다. 돌아온 배트맨과 마주쳤을 때 직접 결투를 신청했으나 베놈을 과다복용하고 캣우먼의 발톱에 당해 무력해졌다.
배트맨이 그의 등을 부러뜨리려 했으나, 그 전에 토머스 웨인이 베인의 머리에 총을 쐈다. 베인은 살아남았지만 혼수상태에 빠져 아캄에 입원했다. 이후, 회복한 베인은 배트맨에 의해 쓰러져 아캄에 투옥된 토머스를 찾아가서 등을 부러뜨렸다.

베인은 팔과 다리가 묶인 채 기계에 고정된 상태로 구금되었다. 얼마 후, 조커는 나름대로 고담에 대한 자신만의 대규모 테러를 시작했다. 조커는 아캄에 있는 베인을 찾아가 배트맨의 정체를 다시 한 번 알아낸 뒤, 베인이 브루스 대신 데미안 앞에서 알프레드의 목을 부러뜨린 바람에, 브루스의 마지막 부모인 그를 죽일 기회를 낭비했다며 화를 냈다.
조커는 베인의 실수를 절대로 용서할 수 없으므로 자신이 배트맨을 상대할 음모를 실행하기 전에 다시 돌아와서 죽이겠다고 약속했다. 조커의 공격은 결국 배트맨에 의해 실패했지만 사라졌던 조커는 아캄에 침입해 들어와 조커 베놈으로 몇몇 구역을 아수라장으로 만들었다. 살아남은 교도관 션 마호니는 베인이 묶인 상태 그대로 조커화되어 살해된 것을 발견했다. 베인의 죽음이 알려진 후, 고담의 리틀 산타 프리스카 구역에서는 그를 힘의 상징으로 여기면서 벽화와 시위를 통해 추모했다.