마지막 업데이트 2022.02.22
배트맨 Batman (박쥐남자)
세계: 프라임 어스(플래시포인트 이후)
본명
: 브루스 토머스 웨인(Bruce Thomas Wayne)
다른 이름: 다크 나이트(Dark Knight), 매치스 말론(Matches Malone), 잭 쇼(Jack Shaw), 지식의 신(God of Knowledge)
직업: 모험가, 자경단원, (과거에
사업가)
소속: 배트맨 패밀리, 저스티스 리그, 아웃사이더즈, 탐지길드, (과거에 배트맨 인코퍼레이티드, 저스티스 리그 인터내셔널, 저스티스 리그 오브 아메리카, 고담 나이츠, 저스티스 리그: 팀 엔트로피)
출신지: 브리스톨 타운십의 크레스트 힐
가족: 데미안(Robin, 아들), 딕 그레이슨(Nightwing, 양아들), 제이슨 토드(Red Hood, 양아들), 팀 드레이크(Red Robin, 양아들), 토머스(아버지, 사망), 마사 케인(어머니, 사망), 토머스 주니어(Talon, 동생이라고 주장, 사망), 제이콥 케인(외삼촌), 케이트 케인(Batwoman, 외사촌), 엘리자벳 케인(Alice, 외사촌), 베티 케인(Hawkfire, 외사촌)
: 파랑 모발: 검정
첫등장: Flashpoint Vol 2 #5 (October, 2011)

초능력
없음
능력

천재적 지능, 최상의 신체 상태, 곡예술, 궁술, 운동실력, 항공술, 선박운항, 사업수완, 컴퓨터 해킹, 변장술, 운전기술, 직관적 기억, 탈출기술, 승마술, 법의병리학, 장비제조, 최면술, 강인한 의지, 심문기술, 위협기술, 탐정기술, 자물쇠 따기, 무술(복싱, 점맥, 닌술, 봉술, 스스로 창조한 스타일 뱀 파우), 의학, 다양한 언어 구사(영어, 포르투갈어, 다리어, 라틴어, 중국어, 그리스어, 아이슬란드어, 프랑스어, 게일어, 크립톤어, 미국 수화, 고대 해양민족의 은어), 오컬트 지식, 교육학, 손기술, 은신술, 수영, 추적기술, 폭탄지식, 무기에 대한 지식, 사격, 펜싱, 검술, 투척기술.
무기/장비
배트수트: 케블라와 약간의 티타늄이 혼합된 소재로, 화염 및 다양한 공격에 저항할 수 있다.
마스크: 소량의 납이 함유되어 있어 엑스레이로부터 얼굴을 보호하고 적외선 및 야간투시 기능, 음성과 영상의 송수신, 오디오 센서, 음파기능을 포함.
유틸리티 벨트: 자동보안 시스템을 갖추고 있으며, 차량호출 버튼, 텔레포트 장치, 폭탄, 신경독소, 배터랭, 연막탄, 지문감식키트, 절단도구, 갈고리총, 토치, 호흡기, 크립토나이트 반지, 막대사탕 등이 담겨 있다.
장갑과 부츠, 얇고 가벼워서 활공이 가능한 망토, 지니 A.I., 배트컴퓨터, 배트모빌, 배트플레인, 배트보트, 배트사이클, 배트콥터, 배터랭(Batarang), EMP 마스크, 마법 장갑.
(과거에) 모비우스 의자, 블랙 랜턴 링.
 
브루스 웨인은 고담 시의 권위 있는 웨인 가문의 부유한 의사인 토머스와 역시 명성 높은 케인 가문의 마사 사이에서 태어났다. 브루스가 아주 어렸을 때, 마사는 토머스 웨인 주니어라는 아기를 임신하게 되었다. 그러나 고담의 소외 계층을 위한 학교를 설립하려는 마사의 의도를 탐탁지 않아 한 올빼미 법정(Court of Owls)은 자동차 사고가 일어나도록 손을 썼다. 사고를 당한 마사는 살았지만 아기를 유산하고 말았다.
부부가 이 사고를 잊기 위해 휴가를 떠난 사이, 웨인 가문의 집사인 자비스 페니워스는 올빼미 법정의 탤론(Talon)에게 살해되었다. 자비스는 아들 알프레드를 궁지에 몰린 웨인 가문으로부터 멀리 떼어놓기 위해 편지를 썼지만 이 편지는 배달되지 않았고, 군 의무병 출신의 연극배우인 알프레드는 고담 시로 건너 와서 아버지의 뒤를 이어 집사가 되었다.

브루스는 자라면서 가문의 명성으로 인해 불안함을 느끼게 되었고, 고담을 방문하기 위해 학교를 몰래 빠져나오기 시작했다. 한번은 순찰을 돌던 순경 짐 고든과 그의 파트너에게 발각되어 역으로 돌아가던 길에, 고든이 재단사로부터 트렌치코트를 받는 것을 목격했다. 그것이 뇌물이었다는 것을 아무도 알아채지 못했지만 브루스는 이것을 기억하고 있었다.
부모가 그를 데리러 온 후, 셋은 함께 모나크 극장에서 영화 <조로의 표식>을 보러 갔다. 관람을 마치고 나온 이들 앞에 조 칠(Joe Chill)이라는 이름의 강도가 총을 들이대며 금품을 요구하다가 토머스와 마사를 쏴 죽이고 도망쳤다. 이 참극은 브루스가 사건의 의미를 찾도록 집착하게 만들었다.

브루스는 면도칼로 자살을 시도하려 했지만, 부모님이 이것을 원하지 않을 것이라는 생각에 그만두었다. 대신, 남은 인생을 범죄와 전쟁을 벌이기로 맹세했다. 신화 속의 올빼미 법정에게 책임이 있다고 생각했지만, 그것을 증명할 어떤 것도 찾지 못했다. 또한 장난감 총을 쏘며, 살해범을 죽이는 일에 집착했다. 이 때문에 알프레드는 브루스를 아캄 소년재활원에 보냈다. 그곳에서 만난 하비 덴트와는 좋은 친구가 되었다.
브루스는 고담 아카데미에 다녔는데, 동급생인 줄리 매디슨과 사귀게 되었다. 하지만, 부모의 죽음으로 인한 심리적인 문제로 인해 결국 둘은 헤어졌다. 어느 날, 한 교사가 목표물을 향해 발사체가 발사되는 것과 관련한 문제를 냈다. 이에 브루스는 그 대답으로 교사의 집 앞마당에 불을 질렀다. 퇴학당한 브루스는 록스버리 필딩 아카데미에 다니게 되었다.
슬픔에 시달린 브루스는 자신이 제대로 기능을 할 수 없다는 것을 깨닫자, 전기충격 요법으로 기억을 지울 수 있도록 노숙자를 고용했지만, 고통을 치료하지 않고 동기부여로 삼았다.

18살이 되었을 때엔 아일랜드 조직의 딸인 에린 맥킬렌과 사귀었고, 그는 부모님의 죽음에 깊은 의미는 없었으며, 조 칠이 단순히 돈이 필요했기 때문에 저질렀었다는 것을 알게 되었다. 브루스는 고통과 분노를 연료로 삼아 전 세계를 떠돌며 무술과 검술, 스턴트 운전기술과 발명, 협박의 기술을 배우기 시작했다. 티벳에 도착해 소림사 승려들 밑에서 무술과 검술을 배웠다. 19세엔 브라질의 범죄자 돈 미겔로부터 생사가 걸린 상황에서 자동차 경주를 하는 법을 배웠다.
일본의 히다 산맥에서는 은신술을 배우기도 했다. 21세에는 뛰어난 발명가 세르게이 알렉산드로프의 지도 아래 기술 장치에 대해 공부했다. 24세 때, 노르웨이에서 훈련을 받고, 매시간 새로운 적과 싸우며 28시간을 보낸 후, 그 투지에 여왕의 모든 부하들이 두려워했다. 한동안은 나이지리아 사막의 한 유목민들과 힘든 훈련을 견디며 시간을 보냈다. 알프레드가 그에게 연락을 시도했지만, 전화를 받은 브루스는 차마 말을 할 수가 없었다. 브루스는 또한 극동의 무술사범들인 추친리와 쓰네토모와 훈련을 했고, 히말라야의 메루 봉에서 불법 낙하산 점프를 한 혐의로 체포되었다.

브루스는 능숙한 추적자인 앙리 뒤카르에게 배우기 위해 프랑스 파리로 찾아갔다. 그리고 앙리의 아들 모르강과 훈련 파트너가 되었다. 그러나 브루스는 앙리가 그의 목표물을 죽인 것을 알고 떠났다. 앙리는 모르강을 뒤따라 보냈지만, 브루스는 모르강을 물리치고 앙리의 사무실로 집어던졌다.
브루스는 세계를 돌며 훈련을 받는 내내, 역시 자경단원이 되기 위해 기술을 배우고 있던 고스트 메이커(Ghost-Maker)라는 남자와 끊임없이 마주쳤다. 둘은 범죄자를 죽이는 것에 대한 의견 차이로 몇 차례 싸웠다.

여행의 막바지에 이르러 브루스는 히말라야로 가서 마쓰다 시한에게서 카타나 훈련을 받았다. 시한의 딸 미오와 곧 연애를 시작했는데, 시한은 타인과 개인적인 유대를 맺지 말라고 경고했다. 그러나 시한의 아내는 격려했다.
브루스가 미오에 대한 감정 때문에 무심코 암살자를 집안에 들여보내고 말았다. 이후 브루스는 미오가 시한의 아내에 의해 고용되어 자신을 유혹하고 시한을 죽였다는 것을 알게 되었다. 두 여성과 시한 모두 심각한 부상을 입었지만, 시한은 가까운 개인적 관계가 죽음을 불러온다는 경고를 남기고 죽었다.
이 교훈을 마음에 새긴 브루스는 7년간의 긴 공백 끝에 25세의 나이로 마침내 고담으로 돌아왔다. 자신의 훈련을 마치는 의식으로, 웨인 타워 꼭대기에서 낙하산 점프를 한 브루스는 뇌진탕, 타박상, 어깨와 팔꿈치의 탈구를 일으켰다.

웨인 가문의 유지에 대해 관심 없는 브루스는 고담으로 돌아온 지 6주가 지나자, 웨인 저택을 나와 파크 로우(Park Row)에서 살면서 레드 후드 갱에 침투하려고 했다.
외삼촌 필립 케인은 브루스를 계속 감시했고 브루스가 없는 동안에 웨인 엔터프라이즈의 경영권을 쥐고 있었다. 필립이 고용한 전략가 에드워드 니그마는 브루스가 같이 놀아주지 않는다면 죽이라고 조언했다. 필립은 언론에 브루스의 귀환을 알렸다. 브루스는 외삼촌에게 회사가 무기를 파는 동안은 복귀하지 않겠다고 했고, 니그마는 브루스를 죽이라고 계속 부추겼다. 그리고 레드 후드 갱이 브루스의 집을 폭파시켜 버렸다. 부상을 입은 브루스는 웨인 저택으로 돌아왔고, 아버지의 연구에서 박쥐 형상을 차용하기로 결심했다.

자신이 대중에 노출되어 있다는 것을 이용한 브루스는 에이스 화학공장 앞에서 레드 후드 갱의 계획을 밝히는 기자회견을 열었다. 갱이 회견을 방해하려 하자, 브루스는 공장 안으로 들어가 정전을 시키고 배트맨으로서 데뷔를 했다. 협박을 받아 레드 후드의 일원이 된 필립은 배트맨을 죽이지 못하게 하려다 총에 맞아 죽었다.
배트맨은 레드 후드의 리더인 레드 후드 원(Red Hood One)과 싸우다가 그를 화학물질 통 안으로 빠뜨렸다. 레드 후드 원은 죽은 것으로 보이고 갱단도 궤멸됐지만, 니그마가 도시 전체를 암흑으로 만드는 전자기 펄스 폭탄을 터뜨렸다.
브루스가 불만을 품은 웨인테크의 직원이 저지른 연쇄살인을 조사하는 동안, 로브 경찰청장은 배트맨을 범죄자라고 선언했다. 전력이 복구되었을 때 웨인테크 출신인 칼 헬펀 박사가 다른 전자기 펄스 공격을 막기 위한 방해전파를 구축하는 동안, 마지못해 손을 잡은 배트맨과 짐 고든은 헬펀이 리들러(Riddler)의 수하인 것을 알아냈다. 두 사람을 쓰러뜨리는 계획이 실패하고, 방해전파는 전력이 복구되었을 때 파괴되었다. 리들러는 도시전력의 통제권을 장악하고 전원을 내려 도시를 물에 잠기게 했다.

도시는 황폐해졌고 문명을 되찾기 위해서는 시민들이 리들러가 내는 수수께끼를 풀어야 했다. 짐 고든과 루시어스 폭스, 배트맨은 리들러가 수수께끼 방송을 하는 동안 신호를 추적하여 그 위치를 알아내려 했다. 계획은 실패했지만 배트맨은 리들러의 위치를 알아낼 수 있었다. 배트맨은 순발력 대결을 통해 전력도 복구하고 예정된 공습으로부터 도시를 구했다.
그 후, 브루스와 루시어스는 웨인 엔터프라이즈를 재건하기 시작했고, 고든은 로브를 대신하여 청장으로 승진했다. 또한 고담경찰청 옥상에 배트시그널을 설치했다.

리들러의 고담 통제가 끝난 지 얼마 지나지 않아 배트맨은 고담 저수지에 독을 풀려던 조커를 저지했다. 배트맨은 조커와의 첫 만남 일주일 뒤에 그가 화학물질 통에 빠진 레드 후드 원임을 알아냈을 뿐 아니라, 본명이 누구인지, 가족이 어디에 사는지도 밝혀냈다. 하지만 배트맨은 그의 이름이 중요하지 않다고 판단했고, 그래서 절대 조커의 본명을 공개하지 않겠다고 맹세했다. 언론이 그의 정체를 알게 되면, 아내 지니와 아들을 찾아 나설 것이고, 이렇게 되면 조커가 그들을 찾아내 죽일 것이기 때문이다.

브루스는 웨인 엔터프라이즈 직원들의 연쇄살인에 대해 조사하던 클라크 켄트를 만났었는데, 나중에 배트맨과 슈퍼맨으로서 다시 만나고 서로를 믿지 못한 채로 다른 세계(지구 2)로 보내졌다. 이것은 뉴 갓 종족의 일원인 카이요 더 트릭스터(Kaiyo the Trickster)의 음모였다. 그곳에서 이들은 더 나이 들고 더 유능한 자신들과 만났다.
카이요는 그들 넷에게 다크사이드(Darkseid)의 본성을 알리고, 미국 정부가 숨겨온 커다란 크리스탈의 파편인 카오스 샤드(Chaos Shard)의 형태를 한 위험한 무기를 다른 세계의 배트맨이 은닉하고 있다고 설명했다. 카이요는 이 파편이 다크사이드로부터 모든 세계를 구할 수 있다고 믿었다. 두 세계의 배트맨과 슈퍼맨들은 파편이 파괴될 때까지 싸웠다.
이 결과로, 카이요는 브루스의 세계가 살아남을 것이라고 결정하고, 모든 이의 기억을 지웠다.

패러데몬(Parademon)들의 출현을 조사하던 배트맨은 그린 랜턴(할 조던)과 처음으로 만나게 되고, 둘은 패러데몬이 외계인이라는데 생각을 같이 하고 함께 슈퍼맨을 찾아보기로 했다. 슈퍼맨이 자신들을 위협이라 여겨 공격하자 그린 랜턴은 플래시를 불렀다. 패러데몬 군대가 몰려오자 원더우먼, 아쿠아맨, 사이보그가 각각 나타나 싸움에 합류하고, 아포콜립스(Apokolips) 행성의 다크사이드가 침공의 배후임을 알게 되었다.
이 일은 배트맨에게 히어로들이 한 팀으로 협력해야 한다는 것을 깨닫게 해주었고, 그들은 납치된 슈퍼맨을 구하기 위해 아포콜립스로 향했다. 슈퍼맨을 구해 지구로 돌아온 그들은 다크사이드를 쫓아내고 대중들로부터 인정을 받게 되었고, 일곱 히어로들은 저스티스 리그를 결성했다.

브루스는 배트맨이 된 직후에 범죄와의 전쟁을 위해 짐 고든, 하비 덴트와 손을 잡았다. 브루스는 변호사인 하비에게 지방검사가 되라고 설득하고, 이로 인해 지방검사가 된 하비는 자신의 고객이었던 아이리쉬 조직의 보스인 에린과 새넌 맥킬렌 쌍둥이를 감옥에 보내야 했다. 섀넌은 자살했고 에린은 그 시신으로 위장, 탈옥하여 하비의 아내를 죽여 버렸다. 그리고 하비의 얼굴에 염산을 끼얹었다. 범죄와의 전쟁은 중단되었고, 하비는 투페이스라는 이중인격을 지닌 인물이 되었다.
배트맨은 고담의 범죄 조직들을 없애려는 노력에서 팔코네 패밀리를 끌어내리려 했다. 그 결과로 카마인 팔코네는 홍콩으로 도망가고 펭귄이 팔코네의 구역을 차지할 수 있었다.

투옥된 지 약 1년 후, 리들러는 탈옥하여 웃음 능력을 상실한 조커와 “농담과 수수께끼의 전쟁”이라고 불리는 전쟁을 일으켰다. 각 측이 자신들의 군대에 들어올 모든 빌런들을 모집하면서, 도시는 몇 주 동안 전쟁터로 변했다. 브루스 웨인은 조커와 리들러를 저택으로 초대해 식사를 함께 하면서 중재에 나섰고, 배트맨은 사상자를 막기 위해 함께 일할 편을 선택해야 했다. 배트맨은 마지못해 리들러를 선택했고 조커의 모든 병력을 하나하나 제거해 나갔다.
마침내 조커 혼자 남게 되었을 때 리들러는 배트맨을 배신하려 했지만, 이를 예상하고 있던 배트맨이 먼저 그를 배신했다. 리들러는 항복하면서, 어떻게 하면 조커를 다시 웃게 만들 수 있는지에 대한 수수께끼를 풀기 위해 전쟁 전체를 기획했다고 밝혔다. 너무나 사소한 일로 무고한 사람들의 죽음을 초래한 것에 분노한 배트맨은 자제력을 잃고 부엌칼로 그의 얼굴을 찌르려고 시도했지만 조커에 의해 제지당했다. 조커는 웃음을 되찾았고, 이 사건은 배트맨의 가장 큰 실패 중 하나가 되었다.

이 무렵 브루스는 어린 서커스 곡예사 딕 그레이슨을 받아들였다. 브루스의 비밀을 모른 딕은 밤마다 몰래 빠져나가 부모의 살해를 지시한 것으로 확신한 주코를 추적했고, 배트맨이 그런 그를 매번 지켜보고 있었다. 마침내 딕에게 배트케이브를 보여준 브루스는 딕을 로빈으로 만들어 함께 범죄와 싸우기 시작했다.
이 시점에서 스케어크로우는 처음으로 배트맨과 로빈에게 공포 독소를 사용했다. 한 임무에서, 배트맨과 로빈은 스케어크로우를 추적해 프라하로 갔고, 그가 머더라는 이름의 아동 밀매업자를 상대하고 있다는 것을 깨달았다. 아이들에게 트라우마를 더 심하게 해주는 트라우마 독소를 사용하기 위해서였다. 배트맨은 로빈에게 이 정보를 비밀로 하고, 머더에게 접촉해서 대체할 로빈을 구매하려는 척했지만, 이 계획은 성공하지 못했다. 머더는 탈출하여 수년간 조용히 지냈다.

배트맨은 딕이 슈퍼히어로 팀의 일원으로서 자신의 가치를 이해할 수 있도록 저스티스 리그와 함께 임무를 수행하게 한 적이 있다. 비록 대부분의 임무에서 로빈으로서의 활동이 주요 활동이 되지만, 미래에는 리그의 일원이 되고 리더가 될 수밖에 없을 것이라고 확신시켰다.
짐 고든의 딸인 바바라와 아들 주니어는 아버지를 만나러 갔다가 경찰서 건물 내에서 범죄자의 공격을 받아 갇히게 되었고, 바바라는 경찰이 보관해둔 배트맨 의상을 입고 동생을 지키기 위해 체조솜씨를 이용해 싸웠다. 이 행동은 배트맨의 주목을 끌었고, 결국 바바라는 배트걸이 되었다. 그러나 바바라는 일 년 후에 학업에 집중하기 위해 배트걸을 그만두었고, 아버지의 직업 때문에 조커에게 총을 맞아 삼 년 간 하반신 마비 상태로 있었다. 바바라가 부상을 당하자, 딕은 로빈 역할을 그만두고 나이트윙이라는 독자적인 새로운 신원을 가졌다.

얼마 후, 배트맨은 레슬리 톰킨스 박사의 처방약을 훔치려던 제이슨 토드라는 고아 소년을 잡아, 보살피기 위해 웨인 저택으로 데려갔다. 제이슨을 갱생시키려는 희망에서 자신의 정체를 밝힌 브루스는 고통을 극복하기 위해 좋은 일을 한다고 설명하고 로빈이 되라고 제안했다. 몇 달 간의 훈련을 통해 범죄와 싸우는 것으로 감정을 해소하는 법을 배운 제이슨은 조커의 계략에 빠져 중동에 있다는 어머니를 만나러 갔다가 죽고 말았다.

제이슨의 죽음 이후, 배트맨은 점점 더 폭력적이고 무모해졌고, 팀 드레이크라는 소년은 이를 걱정했다. 딕의 정체를 나이트윙으로 추론한 팀은 배트맨의 분노를 억제하기 위해 딕에게 다시 로빈으로 돌아오라고 설득하려고 했다. 딕이 이를 거절하자, 팀은 투페이스와 싸우는 배트맨과 나이트윙을 돕기 위해 스스로 로빈 의상을 입었다. 팀은 그 싸움에서 중요한 도움이 되었고, 배트맨은 팀을 세 번째 로빈으로 훈련시키기로 동의했다. 팀은 후에 로빈이라는 정체성을 버리고 레드 로빈이 되어 틴 타이탄스를 이끌었다.

고담을 장악하려는 베인은 곳곳에서 연속적으로 사건을 일으켜 배트맨을 녹초가 되게 만들고, 그의 등을 부러뜨렸다. 브루스가 회복할 때까지 딕이 배트맨이 되어 활약해야 했다. 얼마 후, 라스 알 굴은 에볼라 걸프-A 바이러스를 이용하여 고담의 인구를 근절하려고 시도했으나 배트맨에 의해 좌절되었다.

라스 알 굴과 리그 오브 어새신즈와의 결투에서 라스의 딸 탈리아와 사랑에 빠졌던 브루스는 몇 년 후 탈리아가 자신의 아들이라며 데미안을 데리고 왔을 때 놀라지 않을 수 없었다. 리그 오브 어새신즈를 이끌기 위한 존재로 키워진 데미안은 실험실에서 빠른 속도로 성장했다. 탈리아는 브루스가 자신이 할 수 없는 방법으로 아들을 훈련시키길 바랐지만, 살인욕을 억제하길 원했던 브루스는 데미안을 지켜보기 위해 로빈으로 삼았다. 탈리아의 진정한 목표는 아들을 이용해 브루스를 가족으로서 재결합시키기 위한 것이었다. 그러나 브루스가 이를 거절하자 탈리아는 그 시점부터 자신과 전쟁을 하게 될 것이라고 경고했다.

데미안을 데려온 지 얼마 되지 않아 브루스는 죽은 것처럼 보였다. 그러나 사실 시간을 거슬러 보내진 것이었을 뿐이었고, 그 기간 동안 딕이 그를 대신해서 배트맨이 되어 데미안을 훈련시켰다. 고군분투한 끝에 다시 돌아오는데 성공한 브루스는 개인적으로 배트맨에게 자금을 지원하겠다며 전 세계의 자경단원들로 구성되는 배트맨 인코퍼레이티드(Batman Incorporated)의 설립을 공개 발표했다. 리바이어던(Leviathan)이라는 테러집단과 충돌한 배트맨 인코퍼레이티드는 그 리더가 탈리아인 것을 알게 되었다.

백 명 이상의 사람들을 죽이고 아캄 정신병원에 감금된 조커는 돌메이커(Dollmaker)에게서 얼굴 가죽을 벗겨내는 수술을 받고 탈출했다. 조커의 가죽이 알려지자 배트맨에게 비난이 쏟아졌고, 로빈슨 공원에서는 조커의 무사귀환을 바라는 군중들이 애도의 집회를 열었다.

브루스는 고담 시를 개선시킬 계획을 공개했고, 경찰은 올빼미 법정의 전설과 관련 있는 시신을 발견했다. 브루스는 올빼미 법정은 그냥 전설일 뿐이라고 생각했지만, 웨인 타워에서 비즈니스 파트너 링컨 마치와의 회의 도중에 올빼미 복장의 암살자로부터 공격을 받아 죽을 뻔 했다. 그리고 조상인 앨런 웨인이 법정의 암살자인 탤론에게 살해되었다는 소문에도 불구하고 믿으려 하지 않았다. 앨런 웨인이 설계한 웨인 타워를 조사하던 배트맨은 숨겨진 층이 있으며 탤론이 숨어 있었다는 것을 발견하고, 앨런이 설계한 다른 모든 건물들에도 탤론의 은신처가 있음을 발견했다.
그는 부모의 죽음에 대해 아무것도 알아낼 수 없었던 것이 법정 때문이라는 것을 인정해야 했다. 앨런 웨인의 죽음을 조사하다가 자신이 발견했던 살인 피해자와 같은 특징을 발견했다.

탤론에게 습격당해 기절한 배트맨은 올빼미 법정이 만든 지하 미궁 안에서 8일 동안 갇혀 있었다. 그를 미치게 만들려는 목적이었다. 배트맨은 미궁의 피해자가 여럿이었음을 깨달았지만 탤론의 공격을 피하기엔 너무 약해져 있었다. 그렇지만, 그는 고담 강바닥으로 길을 낼 수 있었고, 심정지가 왔지만 그를 발견한 하퍼 로우에 의해 소생할 수 있었다.
배트케이브로 돌아온 배트맨은 자신을 찌른 탤론의 시신을 맞이하고 연구를 시작했다. 탤론들이 언데드 암살자임을 알아내고, 특히 이 탤론은 딕 그레이슨의 조상임을 밝혀냈다.

동시에, 잔인한 자경단 노바디(NoBody)가 데미안에게 접근해 배트맨의 살인금지 규칙을 깨라고 부추기기 시작했다. 노바디의 정체는 브루스의 스승 중 하나인 앙리 뒤카르의 아들 모르강이었다. 데미안이 노바디와 함께 하길 거부하자 노바디는 그를 공격했고, 배트맨이 달려와 전투가 벌어진 와중에 데미안이 노바디를 죽일 수밖에 없었다. 그리고 이 일은 브루스에게 아들의 폭력성을 없애지 못할까봐 걱정하게끔 만들었다.

올빼미 법정은 배트맨이 방해하자 지난 세기의 모든 탤론들을 부활시키기로 했다. 그들은 눈에 거슬리는 고담 시민들을 죽이고 시의 통제권을 장악하려 했다. 웨인 저택에 몰려온 수백 명의 탤론들로 인해 브루스의 정체는 밝혀지고 말았고, 브루스는 탤론들을 영하의 온도로 얼리는 법을 이용해 그들을 무력화시킬 수 있었다. 그리고 자신의 동료들에게 탤론들의 암살목표를 지키라는 지시를 내리고, 자신은 링컨 마치를 구하기 위해 떠났다.
탤론의 공격을 받긴 했지만 링컨을 구한 배트맨은 법정의 은신처를 추적해 그는 모든 멤버들이 음식에 탄 독으로 인해 죽어 있는 것을 발견했다. 처음엔 집단자살을 생각했지만 곧 링컨 마치라는 사람은 존재하지 않는다는 것을 발견했다.
한 정신병원의 폐허에서 링컨을 찾아냈지만, 그는 자신이 브루스의 동생인 토머스라고 생각하고 있었다. 브루스는 동생이 아기 때 링컨과 마치의 교차로에서 교통사고로 죽었다고 알고 있었다. 그리고 법정이 자금을 강탈하기 위해 꾸민 것으로 생각하고 있었다. 한편, 링컨은 병원에서 법정에게 바꿔치기 당해 자랐으며 마사 웨인이 친어머니라고 믿었다. 브루스를 원망하며 자란 링컨은 올빼미 법정의 왕이 되어 고담 시를 조종하고 브루스를 죽이려는 목표를 갖고 있었다. 격투 끝에 링컨은 탈출했다.

탈리아는 아들의 목에 5억 달러의 현상금을 걸어 자신의 활동을 방해하지 못하게 할 수 있었다. 그런데 라스 알 굴이 배트맨과의 전쟁을 그만두라고 부탁하자, 탈리아는 오히려 리그 오브 어새신즈의 통제권을 빼앗아버렸다.
그 동안 데미안은 자신에게 공감과 연민을 보여주고 가르쳐준 아버지를 위한 선물을 찾기 위해 고담의 하수도를 뒤지기 시작했다. 자신의 전임 로빈들에게 자신이 제일 나은 로빈임을 증명하고 싶어 했으며, 자신에게 현상금이 걸린 것도 신경 쓰지 않았다. 마사 웨인이 총에 맞아 죽던 날, 진주목걸이에서 떨어진 진주 한 알이 데미안이 찾고 있는 것이었다. 그리고 마침내 진주를 발견해 배트케이브로 돌아왔다.

거의 일 년 가까이 숨어있던 조커는 고담 시 경찰청에 나타나 경관 몇을 죽이고 증거보관실에서 자신의 얼굴을 찾아가려고 했다. 배트맨은 조커의 계획이 자신과 둘만의 것일 것으로 추측하고 동료들의 도움을 거절했다. 조커는 고담 시장을 대상으로 자신의 공식적인 첫 살인을 그대로 재현하려고 했지만, 방해를 받자 경비들을 모두 죽이고 미소 짓는 얼굴로 바꿔놓은 뒤에 떠나버렸다. 배트맨은 조커의 과거 범죄를 재현하는 패턴을 파악하고 에이스 화학공장으로 향했다.
조커의 위협에 못 이겨 레드 후드 원으로 변장한 할리 퀸이 여기서 배트맨을 붙잡고 있는 동안, 조커는 웨인 저택에서 알프레드를 공격했다. 고든 청장에게 이 소식을 전하려던 배트맨은 고든이 항응고제의 투여로 인해 피를 흘리고 있는 것을 발견했다. 배트맨은 나이트윙에게 알프레드의 납치사실을 비밀로 하라고 당부하고, 조커가 자신의 정체를 알아내진 못했을 것이라고 주장했다.

고담 저수지에서 배트맨과 마주한 조커는 모든 이들의 정체를 알진 못한다면서, 72시간 내에 배트맨의 동료들을 모두 죽이겠다고 했다. 그런데 배트케이브 안에서 조커의 카드 한 장이 발견되고, 배트맨 패밀리는 조커가 정체를 알아낸 것을 인정하라고 강요했다. 그러나 배트맨은 이를 인정하지 않고 배트케이브가 안전하다며 그들을 머물러 있게 하고, 혼자서 아캄 정신병원으로 단서를 따라갔다가 조커에게 이미 점령된 상태임을 발견했다. 조커는 건물을 성처럼 개조하고 배트맨을 왕으로, 자신을 궁중광대로서 표현했다.다른 빌런들 역시 각각 상황극에 맞춰 역할을 배분받고 배트맨을 감금하여 무력화시켰다. 조커가 배트맨 패밀리에게 무슨 짓을 할지 알아낼 방법은 일부러 붙잡혀주는 법밖에 없었으므로, 배트맨은 스스로를 감전시켰다.

배트맨은 배트케이브 안에 차려진 저녁식사 테이블에서, 동료들에게 둘러싸인 채 깨어났다. 모두 얼굴에 붕대를 감고 있었다. 그들 앞에 놓인 식사 접시의 뚜껑을 연 조커는 내용물이 그들 각자의 얼굴임을 밝혔다. 그는 배트맨이 자신의 패밀리를 죽여 없애서 감정적인 연결이 없는 상태가 되길 바란다고 믿고 있었다.
조커가 배트맨 패밀리를 죽이거나, 가솔린을 점화하여 패밀리 스스로 자살할지 결정해야 하는 순간이 오자, 배트맨은 불을 붙인 뒤 지붕에 구멍을 뚫어 물이 쏟아지도록 꾸몄다. 그들이 붕대를 풀어 절단된 얼굴들이 가짜임을 확인하자, 배트맨은 조커를 쫓아갔다. 배트맨이 패밀리의 정체를 모두 밝혀 조커의 환상을 깨버리겠다고 위협하자, 조커는 절벽의 깊은 틈 속으로 뛰어내려버렸다. 모두가 무사히 살아남았지만, 조커가 예전에 배트케이브 안에 침입했었음을 숨긴 배트맨의 태도는 패밀리와의 사이에 불신을 키우게 되었다.

도시를 다시 장악한 직후, 배트맨은 에린 맥킬렌이 돌아와 도시의 통제권을 빼앗길 원하는 다른 조직들을 만나고 다님을 알게 되었다. 에린의 귀환은 그 피해자인 투페이스와의 사이에서 갈등을 일으켰다. 배트맨은 에린과 투페이스 사이에서 복수를 막으려 했다. 그러나 사실 조직들은 에린과 투페이스를 모두 죽여 버리려는 음모를 꾸미고 있었고, 배트맨이 이를 막아내고 에린을 체포할 수 있었다. 호텔 방으로 돌아온 투페이스는 자신의 정체성에 의문을 갖고 삶에 환멸을 느껴 자신의 머리에 총을 쐈다.

이 무렵, 배트맨과 그의 동료들은 스케어크로우와 배트맨의 다른 적들에 의해 자신들이 평화로운 고스토피아(Gothtopia)라는 곳에 살고 있다고 믿는 정신조종을 당했다. 하지만, 배트맨이 먼저 정신을 차릴 수 있었고, 자신들이 살고 있는 세상이 가짜라는 것을 깨닫지 못한 동료들한테 미쳤다는 평판을 얻었다. 결국 배트맨이 스케어크로우를 물리치고 친구들을 현실로 데려왔다.
펭귄의 부하 오길비는 펭귄이 조커의 계획에 참여한 틈을 타서 펭귄 제국을 빼앗아버렸다. 스스로 엠페러 펭귄(Emperor Penguin)이 된 그는 커크 랭스트롬 박사의 맨배트 혈청을 뿌려서 고담 시 9백 블록에 거주하는 전원을 맨배트로 변화시켜버렸다. 본인 스스로도 혈청을 주입했지만, 배트맨에게 패하고 블랙게이트 교도소로 보내지고 말았다.

리그 오브 어새신즈의 힘으로 무장한 리바이어던은 고담 시 점령을 개시했다. 배트맨은 정보를 얻기 위해 매치스 말론이라는 인물로 위장해 침투했다. 그러나 배신당해 죽음의 위기에 놓였지만 탈출하여 살아남은 배트맨 인코퍼레이티드 멤버들과 재결합할 수 있었다. 그들은 세계 최고의 암살자 30명을 물리칠 수 있었지만, 배트맨은 데미안이 어머니에게로 돌아가지 않으면 무서운 결과가 벌어질 것을 우려했다.
배트맨이 웨인 타워 옥상까지 설치된 덫들을 헤치며 올라가는 동안, 탈리아는 고담과 아들 중에 하나를 선택해야 할 것이라며 비웃었다. 옥상에 도착한 배트맨은 나이트(Knight)를 죽인 헤레틱(Heretic)에 의해 바깥으로 집어던져졌다. 맨배트들이 떨어지는 배트맨을 붙잡아 탈리아가 마련한 상자 안에 가둬버렸다. 밖으로 나가지 말라는 배트맨의 지시를 무시하고, 알프레드는 데미안이 아버지를 구하러 나가도록 해주었다. 배트맨이 상자에서 탈출하는 동안, 데미안은 홀로 헤레틱에 맞섰다가 칼에 찔려 죽고 말았다. 아들의 복수를 하지 못한 브루스는 소규모의 장례식을 열었다.

설상가상으로 시장은 이 모든 것이 배트맨 탓으로 여겨져 웨인 엔터프라이즈가 배트맨 인코퍼레이티드에 자금 제공을 중단하도록 압박했다. 탈리아와 헤레틱을 상대하기 위해 슬픔의 수트(Suit of Sorrows)를 빌려온 배트맨은 스스로를 맨배트처럼 변화시켰다. 헤레틱을 상대하던 배트맨은 헤레틱이 데미안의 클론임을 알게 되었고, 그의 동료들은 국제 스파이 커뮤니티가 탈리아의 계획을 중단시키려고 하면서도 배트맨 인코퍼레이티드에 대항하여 연합했음을 알게 되었다. 헤레틱은 배트맨을 놓친 뒤에 탈리아로부터 명령불복종을 이유로 참수되었다.
배트맨과 탈리아는 배트케이브에서 최종 대결을 벌이게 되었다. 탈리아는 자신의 목숨을 가져가거나 고담과 배트맨의 목숨을 내놓으라고 강요했지만, 사실 이미 그를 중독 시킨 뒤였다. 윙맨(제이슨 토드)은 배트맨의 목숨과 교환하는 조건으로 탈리아가 찾던 오로보로 장치를 제공했다. 탈리아의 주의가 흐트러진 틈을 타, 스파이 조직인 스파이럴(Spyral)의 캐시 웹 케인이 머리를 저격하여 사살해버렸다.

브루스는 체포되었지만 무혐의로 풀려났고, 저택에 돌아온 그와 알프레드는 라스 알 굴이 데미안과 탈리아의 시신을 훔쳐간 것을 발견했다. 아들의 죽음으로 고통스러워하던 브루스는 나탈리아 트루세비치와 가까이 지내기 시작했고, 이 때문에 나탈리아가 매드 해터에게 살해되게 만들었다. 패밀리까지 멀리하기 시작한 그에게 데미안에게 연기수업을 가르쳐주던 캐리 켈리라는 소녀가 찾아왔다. 캐리는 갑자기 사라진 데미안의 행방을 질문했지만 브루스는 아들이 죽었다는 것을 알리고 싶지 않았다. 또한 아들을 떠나보내는 것을 인정하지 않으려하며 프랑켄슈타인을 붙잡아 그의 불멸을 역으로 반전시켜 데미안을 부활시키려고 했다. 알프레드로부터 연락을 받은 레드 로빈은 그 계획을 중지시켰다.
브루스는 캐리를 떼어내려고 했지만 알프레드가 개 티투스를 산책시키도록 고용하는 바람에, 데미안에 대한 거짓말을 계속 꾸며내야만 했다. 그는 제이슨에게 어떻게 되살아났는지 방법을 말해보라며 설득하려고도 했다. 배트걸은 무모해진 브루스에게 충고하려다가 그를 화나게 만들었다. 그러나 캣우먼과 나이트윙에게서도 비슷한 소리를 들은 브루스는 아들을 놓아주어야 함을 받아들이기 시작했다. 알프레드 역시 데미안을 내보냈던 것에 스스로 자책하는 것을 알게 되었다.
슬픔을 극복하려고 노력 중이던 배트맨은 경찰에게 복수하는 무기상인 레이쓰(Wrath)의 위협을 받았으나 금세 물리쳤다.

고대에 일곱 개의 대죄를 세상에 퍼뜨린 판도라는 악의 세계를 없앨 수 있으리라는 희망에서, 저스티스 리그 멤버들에게 판도라의 상자를 열도록 설득했다. 그러나 그녀도 모르는 새, 한 비밀조직이 판도라를 이용해 세 팀의 저스티스 리그들이 서로 싸우게끔 계략을 꾸몄다. 리그 멤버들은 상자의 퍼즐을 열 수 있는 해결책을 찾으러 세 무리로 흩어졌고, 배트맨은 상자를 과학적으로 해결할 수 있다고 믿는 팀을 이끌었다. 세 리그가 다시 한데 모였을 때 상자가 다른 세계로 통하는 문을 열었고, 지구 3의 저스티스 리그인 크라임 신디케이트(Crime Syndicate)가 문을 통해 나타났다. 그리고 대부분의 리그 멤버들을 파이어스톰의 매트릭스 안에 가두어버렸다.
배트맨과 캣우먼만 간신히 신디케이트의 손아귀에서 벗어나 중상을 입은 사이보그를 스타 연구소(S.T.A.R. Labs)로 데려갈 수 있었다. 연구소 안의 레드룸에서 사이보그의 아버지와 함께 머무는 동안, 신디케이트에 의해 나이트윙의 정체가 만천하에 공개되는 것을 보게 되었다. 그와 캣우먼은 나이트윙을 구출하기로 결정했다.

배트맨은 만약을 대비해 준비해두었던 리그에 대항할 수 있는 아이템들을 신디케이트에게 사용하기 위해 챙기고, 더 많은 자원을 찾기 위해 웨인 엔터프라이즈로 갔다가 렉스 루터 일당과 마주쳤다. 렉스 루터 역시 비슷한 계획을 갖고 있었다. 이런 당혹스러운 상황에, 배트맨이 살아있음을 알고 신디케이트의 파워링(Power Ring)이 나타났다. 그에 맞서기 위해 배트맨은 시네스트로 군단의 파워링을 꼈으나 벗겨지고 부서져버렸다. 다행스럽게도 시네스트로가 링의 에너지를 흡수해 파워링을 죽일 수 있었고, 배트맨에게 시네스트로 군단에 합류하라는 제안을 했다.
렉스 루터가 앞장서서 (현재 신디케이트가 본부로 사용하고 있는)저스티스 리그 위성의 깊숙한 곳에서 머더 머신(Murder Machine)이라는 아포콜립스의 장치에 갇힌 나이트윙을 찾아낼 수 있었다. 배트맨은 조커의 공격 후에 패밀리에게 비밀을 갖고 있었던 것을 사과했다. 죽어가는 나이트윙은 기계와 자신의 심장박동수가 동기화되어 있어서 자신을 구하다간 폭발해버린다며 포기하라고 애원했지만, 배트맨은 떠나길 거부했다. 렉스는 단호하게 질식시키는 방법으로 나이트윙의 심장을 정지시켜 탈출할 시간을 벌고, 나중에 뇌사 직전에 아드레날린 주사를 놓아 소생시켰다.

배트맨은 깨어난 나이트윙과 캣우먼, 사이보그와 함께 나머지 리그를 찾아 나섰다. 원더우먼의 진실의 올가미로 파이어스톰 매트릭스 밖으로 모든 히어로들을 끌고 나오는 계획이었다. 원더우먼과 정신적으로 연결되어 있던 마샨 맨헌터가 배트맨에게 올가미를 잡으라고 했다. 렉스의 일당이 신디케이트를 물리치는 동안 배트맨은 히어로들을 구할 수 있었다.
고난을 함께 겪으면서 캣우먼에게 자신의 정체를 공개하는 등 더욱 가까워졌음에도, 배트맨은 둘 사이엔 로맨스를 시작할 수 없다고 선언하고 나이트윙을 데리고 돌아갔다. 공개적으로 사망한 것으로 처리된 나이트윙은 배트맨의 지시에 의해 스파이럴(Spyral)이라는 첩보조직에 가입했다. 그리고 렉스 루터는 배트맨의 정체가 브루스 웨인인 것을 알 수 있었다.
한편, 고담에선 아캄 정신병원의 환자들과 베인이 이끄는 블랙게이트 교도소의 수감자들 사이에 전쟁이 일어나고 있었다. 승리한 베인은 스스로 배트맨이라고 주장했고, 이를 물리친 브루스는 정신병원의 보안과 도시의 복구를 위해 자금을 대기로 약속했다.

프로페서 피그의 납치사건과 관련해서 고든 청장은 지하철역에서 용의자를 쫓고 있던 중에, 총을 든 남자의 환영을 보고 경고사격을 했다. 이 총알이 컨트롤 박스에 맞는 바람에 지하철이 탈선을 일으키고 수백 명의 사람들이 사망하는 참사가 벌어졌다. 잭 포브스는 고든을 체포하지 않을 수 없었다. 이 사건은 배트맨이 아끼는 이들을 제거하려는 음모의 시작이었다. 고든의 결백을 증명하기 위해 나선 배트맨은 카마인 팔코네가 고담에 돌아온 것을 알아차렸다. 임시청장 포브스는 배트맨을 경찰의 최우선 표적으로 선언하여 그의 개인적 수사를 방해했다. 고든은 배트맨과의 협력 사실을 이유로 보석이 거부되어 블랙게이트 교도소에 수감되어 재판을 기다리는 신세가 되었다. 배트맨은 용의자의 신원을 밝혀내려는 배트걸을 도왔고, 레드 로빈은 내로우즈 지역의 아이들을 공격하는 나노봇 바이러스를 조사하기 시작했다.
배트맨 자신은 팔코네와 펭귄 사이에 벌어지려는 갱 전쟁에 주목하고 있었다. 짐 코리건이 배트맨에게 아캄 정신병원에 이상한 일이 일어나고 있음을 경고하자, 배트맨은 배트윙을 보내 조사를 돕도록 했다.

몇 건의 폭발 사고가 일어나는 가운데, 펭귄의 카지노가 파괴되었고 프로페서 피그가 현장에 모습을 드러냈다. 팔코네에 고용되었음을 주장하는 피그를 붙잡았으나 포브스가 그를 풀어주었다. 포브스는 오히려 배트맨을 체포하려고 했으나, 전입 온 경관인 제이슨 바드가 구해주었다. 배트맨은 홍콩으로 도망쳐 팔코네가 그동안 무엇을 해왔는지를 조사하기 시작했고, 일본의 배트맨(지로)은 팔코네가 홍콩에서 5년 간 벌인 갱 전쟁에서 승리했다고 설명해주었다. 배트맨과 지로는 칼에 찔린 SPR 요원과 마주쳤는데, 알프레드의 딸인 줄리아였다. 줄리아가 웨인 저택에서 요양하고 있는 동안, 배트맨은 레드 후드에게 배트걸이 분노로 이성을 잃지 않도록 주시하라고 시켰다.
팔코네는 피그에게 캣우먼을 인질로 삼도록 만들었고, 배트맨이 자신을 사살하려는 경찰이 도착하기 전에 구할 수 있었다. 캣우먼은 팔코네가 고담으로 돌아온 것은 더 큰 계획을 실행하기 위해서라고 귀띔해주었으나, 이 모든 사건의 배후는 아니었다.

배트맨은 변장을 하고 재판을 받으러 가는 고든을 방문했지만, 고든은 갱 전쟁에 신경 쓰라고 말했다. 제이슨 바드와 하비 불록은 경찰을 이끌고 배트맨의 은신처를 급습한 척했는데, 사실 그곳은 팔코네의 은신처였다. 기자 비키 베일이 이 사건을 밀착 취재함에 따라, 포브스는 붙잡은 범죄자들을 풀어줄 수가 없었다. 짧은 시간 내에 제이슨 바드는 포브스의 실체를 밝혀내고 펭귄과 팔코네를 체포했다. 배트맨은 깊은 인상을 받았으나 아직 바드를 신뢰할 수 없다고 느꼈다. 고든이 유죄판결을 받는 사이, 바드는 새로운 경찰청장에 임명되었다. 배트맨은 팔코네에게 면회를 가서 그가 고든의 몰락을 예견한 누군가의 초청으로 고담에 왔음을 확인했다. 허쉬는 웨인 저택에 침입하여 공포독소로 알프레드를 공격했다.
한편, 바드는 고든의 무죄를 입증할 증거를 파괴하고 교도소에서 재커리 게이트를 풀어주었다. 게이트는 배트맨의 주의를 끌기 위해 비콘 타워 건설 현장을 공격했다. 줄리아가 아버지의 수상한 움직임을 따라하다가 배트케이브를 발견했고 배트맨의 정체 역시 파악해버렸다. 게이트에 맞선 배트맨은 알프레드를 공격한 것이 허쉬임을 알았다. 건물을 구할 수 있었지만, 게이트의 장치로 인해 지진이 일어나 시장은 고담에 계엄령을 선포했다.

줄리아로부터 제이슨 바드의 배신을 들은 배트맨은 그의 아파트를 뒤지던 중에 허쉬가 조롱하는 홀로그램을 발견했다. 아파트는 폭발하고 무사히 탈출한 배트맨은 줄리아에게 다른 패밀리들을 소개했다. 조커와의 일 이후에 그들을 더 신뢰하기로 결정했음을 보여주기 위해서였다. 허쉬를 추적하던 중에 스포일러(Spoiler)를 만나게 되었다. 스포일러는 고담에 대한 공격에 대한 비밀을 알아버렸기 때문에 암살자 에두아르도 플라밍고로부터 목숨의 위협을 받던 상황이었고, 배트맨은 배후를 알아내기 위해 모팻 빌딩까지 쫓아갔다. 여기서 그는 맥킬런 패밀리의 상속녀인 제이드 맥킬런의 양육권을 둘러싼 갱들의 싸움의 여파를 발견했다. 제이드는 살해되었고, 책임을 느낀 캣우먼은 친아버지의 제안을 받아들여 캘러브리스 패밀리의 수장이 되었다.

배트맨이 경찰 헬기가 시민들의 폭동을 무력 진압하는 것을 막는 동안, 아캄에서 디콘 블랙파이어가 일으키는 신비한 에너지 광선을 목격했다. 그 광선으로 인해 아캄이 붕괴하여 땅속으로 함몰되고 말았다. 알프레드 역시 아캄과 함께 파묻혀버렸고 배트맨은 그를 구하기 위해 뛰어들 수밖에 없었다. 조커스 도터를 만나 자신이 이쪽으로 유인된 것임을 깨달은 배트맨은 허쉬의 목격정보를 듣고 그쪽으로 향했다. 알프레드는 그 사이에 베인의 도움으로 탈출하여 비밀 배트케이브 기지까지 갈 수 있었다. 배트맨은 스포일러를 죽이려는 허쉬를 발견했으나, 둘 중 누구도 붙잡지 못했다.
아캄의 잔해에서 배트윙을 구조한 후, 날이 어두워지자 허쉬가 배트맨의 무기고들 중 하나를 파괴해버렸다. 배트맨과 줄리아는 허쉬가 먼저 이용하기 전에 나머지 무기고들을 파괴하고 다녔다. 그 동안, 시장은 루시어스 폭스에게 배트맨 인코퍼레이티드와 연관이 있는 웨인 엔터프라이즈의 통제권을 넘기라는 압력을 넣었다.

배트맨은 마침내 허쉬를 잡을 수 있었다. 그러나 자신이 모든 자원을 다 잃었으며 허쉬가 이 모든 일의 배후가 아님을 알았을 때엔 너무 늦어 있었다. 허쉬를 배트케이브 내에 감금했지만, 루시어스 폭스는 허쉬와 손을 잡은 제이슨 바드의 손아귀에 있었다. 그는 배트모빌 안에 폭스를 가두고 웨인 타워에 충돌하게 만들어 배트맨을 노렸다.
줄리아의 빠른 판단 덕분에 배트맨은 살아남아 바드의 디트로이트에서의 옛 파트너이자 여자친구였던 조디 호킨스가 배트맨을 모방한 자경단 때문에 살해당했음을 알게 되었다. 그래서 그는 허쉬의 복수에 함께 했던 것이었다. 제이슨 바드도 허쉬도 모두 누군가의 앞잡이였기 때문에, 고든에게 누명을 씌운 진범을 다시 알아내야만 했다.

새로운 단서를 기다리는 동안, 아캄 붕괴 시 탈출한 환자들을 추적하기 시작했다. 캣우먼의 도움으로 그들을 모두 붙잡은 배트맨은 리들러가 수수께끼를 풀기 위해 도와줄 수 있을지도 모른다는 정보를 스케어크로우로부터 얻었다. 그런데 리들러는 진범이 배트맨이 이미 알고 있는 사람이라고 생각했다.
한편, 배트맨 패밀리는 나노바이러스를 퍼뜨린 것이 매드 해터이며, 그 역시 고담을 공격하도록 누군가의 초청을 받았음을 알아냈다. 캣우먼 역시 도시에 혼란을 일으킨 이가 누군지 알아야겠다고 생각해서 스포일러를 붙잡았다. 배트맨은 스포일러를 구하기 위해서 하퍼 로우와 함께 캣우먼의 비밀 카지노에 침투했다. 스포일러는 자신의 아버지인 클루마스터에게 명령을 내리는 사람이 브루스 웨인이라고 밝혔다. 허쉬를 본 것이었다.

아킬레스 밀로 교수가 아캄을 파괴시킨 장본인이라는 것을 알게 되었으나 그 역시도 누군가의 조종을 받았을 뿐이었다. 브루스 웨인의 모든 자산은 아랍 신화의 악마의 이름을 가진 회사에게 매각이 되었고, 그로 인해 배후가 라스 알 굴이라고 확신했지만 라스 역시 배후가 아니었다. 그 사이에 허쉬는 탈출했고, 블랙게이트 교도소에서는 폭동이 일어나 고든을 죽이려는 시도가 벌어졌다. 배트맨과 동료들은 강력한 무기들로 무장한 적들에 맞서 싸워야 했다. 각각의 범죄자들을 진압하는데 성공했으나 도시는 불길에 휩싸였다.
모든 사건의 배후는 모든 것의 최후를 지켜보라며 배트맨을 비콘 타워로 초대했다. 도착했을 때, 그를 만난 사람은 클루마스터였다. 클루마스터는 배트맨을 끌어들이기 위해 세운 계획을 설명하며 비웃었으나 진짜 배후에 의해 살해되었다. 진범은 자신이 동생이라고 믿고 있는 링컨 마치였다. 배트맨은 싸우기엔 너무 지친 상태였지만, 누명을 벗고 출소한 고든이 고담을 지키는 모든 히어로들을 불러 모아 그의 뒤를 지켰다. 스포일러가 링컨을 쓰러뜨렸지만, 그는 하수구로 도망쳤다가 올빼미 법정에게 다시 붙잡히고 말았다.

아캄 정신병원이 파괴되어 브루스는 웨인 저택을 환자들의 임시거처로 개방하기로 했지만, 누군가가 환자들을 죽이고 있었다는 것이 밝혀졌다. 죽은 사람 잭 쇼의 신원을 도용한 브루스는 환자로 들어가서 범인을 밝혀낼 수 있었다.
배트맨은 도난당한 데미안과 탈리아의 시신을 되찾기 위해 라스 알 굴을 찾아 나섰다. 데미안이 자란 섬을 수색하기 위해 아쿠아맨과 함께 했지만, 라스는 패러다이스 섬으로 도망쳐버렸다. 원더우먼의 도움으로 패러다이스 섬의 라자러스 웅덩이에서 카오스 크리스탈을 사용하려는 것을 막아냈으나, 라스는 난다 파르밧으로 다시 도망쳤다.
그곳에서 싸우던 중, 글로리어스 갓프리가 나타나 데미안의 관과 카오스 크리스탈을 훔쳐서 아포콜립스로 돌아갔다. 저스티스 리그의 반대와 설득에도 불구하고, 배트맨은 저스티스 리그 위성에서 아포콜립스에 대항하기 위해 만든 헬배트 수트를 훔쳐 홀로 아들을 뒤쫓아 갔다.

배트맨은 자신의 패밀리에게 고담을 부탁했다. 그러나 로빈들과 배트걸은 배트맨을 뒤따르기로 결정하고, 사이보그를 납치하여 아포칼립스로 가기 위한 붐 튜브를 열도록 시켰다. 알프레드는 그들에게 새로운 수트를 주었다. 아포콜립스에서 갓프리를 찾아다니던 배트맨은 패밀리와 재회하고, 다크사이드의 아들 칼리백이 카오스 크리스탈과 데미안의 석관을 카오스 캐논이라는 무기의 전력으로 사용하려는 것을 알았다. 다크사이드는 배트맨이 왔다는 말에 복수를 하려고 했다.
싸우던 중 데미안의 관을 확보한 배트맨은 다크사이드의 오메가 처벌 광선을 크리스탈의 파편으로 흡수한 뒤, 사이보그의 붐 튜브로 탈출할 수 있었다. 헬벳 수트로 인해 생명의 위협을 받게 된 순간에도, 배트맨은 크리스탈 파편을 데미안의 가슴에 꽂아 부활시키는데 성공했다. 붐 튜브를 통해 뒤쫓아온 칼리백을 막아내는 과정에서, 데미안이 초능력을 갖고 부활했다는 것을 발견했다. 아들의 초능력을 목격한 브루스는 크리스탈의 부작용을 걱정했다. 따라서 그는 저스티스 리그와 함께 한 가짜 임무에 데미안을 데려갔다. 데미안은 자신의 능력을 마음껏 발휘하며 고갈시켰고, 다음 날 아침에 일어난 데미안은 초능력이 모두 사라졌음을 발견했다.

스케어크로우의 공격에서 회복하는 동안, 배트맨은 원더우먼의 공격을 받았다. 저스티스 리그 전원이 자신을 죽이려드는 것을 깨닫고, 그들을 쓰러뜨리기 위해 준비한 프로토콜을 활성화했다.그는 슈퍼맨이 올 때까지 한 번에 한 명씩 제압할 수 있었고, 이 공격은 조커에 의해 설계되었음을 알게 되었다. 휴대용 크립토나이트 덕분에 살 수 있었지만, 리그의 전원은 이미 조커 베놈에 당한 상태였다. 배트맨은 폐허가 된 아캄 정신병원에서 실마리를 찾기 시작했고, 직원인 에릭 보더와 마주쳤다. 보더는 배트맨을 독방에 가두었는데, 놀랍게도 그의 정체는 조커였다. 조커는 도시 전역에 바이러스를 퍼뜨리겠다고 공언하고 배트맨을 유독가스로 마비시켜 놓았다.

정신을 차린 배트맨은 바이러스가 이미 퍼졌음을 알고 치료법을 개발하기 위해 노력했다. 그는 병원에서 항체를 마련하기 위해 최초 환자를 찾았는데, 조 칠이 최초 환자였다. 칠은 강제로 듀크 토머스를 상대로 웨인 살해사건을 재현하려 했고, 배트맨이 듀크를 구했다. 배트맨이 짐 고든을 발견했을 때 그 역시 조커 베놈에 감염되어 있었지만, 치료제 덕분에 회복될 수 있었다. 얼마 후, 배트맨이 채취한 조커의 혈액샘플을 분석한 딕 그레이슨은 조커의 피에는 라자러스 웅덩이의 성분과 유사하지만 더 강한 혼합물이 포함되어 있음을 알렸다. 조커는 죽일 수가 없다는 뜻이었다. 배트맨은 조커가 수 세기 동안 살아있었다고 주장한 폴 데커 박사를 만나고, 디오네슘(Dionesium)이라는 화학물질 덕에 그럴 수 있다는 설명을 들었다. 이것을 믿고 싶지 않았던 그는 사실을 확인하기 위해 올빼미 법정을 찾아갔다. 한 번 사용한 손상된 디오네슘을 발견한 배트맨은 별다른 소득 없이 배트케이브로 돌아갔다가 조커의 공격을 받아 오른 손목이 잘린 알프레드를 발견했다. 알프레드는 살아 있었지만, 조커가 몇몇 기념품들을 훔쳐갔다.

자신의 패밀리와 적들과 동맹을 맺은 배트맨은 조커의 척추에서 디오네슘을 빼앗기 위한 계획을 짰다. 사실 이 계획은 계략이었다. 그는 딕을 배트맨으로 변장시켜 샘플을 수집하려는 척 하게 하면서, 자신은 도시 아래에 숨겨진 디오네슘 웅덩이를 수색했다. 그런데 그것을 발견하자마자 조커가 공격해왔다. 그들은 서로를 죽일 때까지 잔인하게 싸웠고, 동굴이 그들 위로 무너져 내렸다. 배트맨은 조커를 웅덩이로부터 끄집어내면서 오래 살아온 것이 아님을 인정하라고 강요했다.
바위에 의해 웅덩이는 파괴됐으나 줄리아가 샘플을 챙길 수 있었다. 배트맨과 조커는 동굴에서 함께 사망 한 것으로 발표됐다. 2주 후, 줄리아는 브루스의 메모를 발견했는데 오직 "하"라고만 쓰여 있었다. 그는 브루스가 자신의 결점을 알고 있었으며 해피엔딩이 아니라 비극적으로 죽을 수 있는 평범한 인간임을 암시하는 의미로 해석했다.

브루스의 모든 자산은 파워스 회사(Powers, Inc.)가 사들였다. 제럴딘 파워스는 배트맨의 이름에 대한 프랜차이즈 권리를 사용하여 고담에 배트맨을 두는 프로그램을 만들었다. 대신에 법의 테두리 안에서 활동해야 해야 했다. 제럴딘은 고든에게 배트맨의 역할을 맡도록 설득했다. 브루스는 죽었지만 디오네슘 덕분에 동굴의 잔해에 깔린 지 3주 후에 갑자기 깨어났다. 알프레드는 부상을 입은 브루스의 두뇌가 근본적으로 재생성되면서 그 부작용 덕에 부활하게 된 것임을 발견했다. 그러나 과거에 대한 기억을 잃은 상태였다. 알프레드는 그가 배트맨이었다는 사실은 말하지 않았다.
브루스는 줄리 매디슨와 재결합하고 고담 청소년을 위한 루시어스 폭스 센터에서 줄리를 도우며 사회에 대한 환원을 시작했다. 고든은 브루스를 찾아와 파워스가 더 이상 자신의 행동을 감시하지 않도록 배트수트의 기술을 변경하여 미스터 블룸(Mister Bloom)이라는 범죄자를 막을 수 있도록 도와달라고 했다. 브루스는 5년 전에 미스터 블룸과 관련된 사건을 조사했었지만, 기억을 못하였으므로 부탁을 거절했다.

아캄 환자들이 웨인 저택에서 모두 나간 후, 제럴드 파워스는 브루스에게 선물로 저택을 돌려주기로 했다. 제럴드와 논의하던 브루스는 배트맨 창조의 책임자라는 이유로 세 명의 아캄 환자들로부터 공격을 받았다. 브루스는 그들을 물리칠 수 있었지만 계속 다른 곳에 살기로 했다. 브루스는 기억하지 못하는 과거에 대한 사실들을 듣고도 감정적으로 거리감을 느끼면서, 과거 몇 년 간의 삶을 잃어버린 듯한 기분을 느꼈다. 아무것도 더 이상 잃고 싶지 않은 그는 새 출발을 하기로 마음먹고 줄리에게 청혼을 했다. 고든이 블룸의 씨앗을 두고 갔음을 알게 된 듀크 토머스는 센터의 컴퓨터로 그것을 조사했다.
듀크가 씨앗이 생명을 위협한다는 것을 알리는 바람에 브루스는 배트맨에 대한 기억을 떠올리게 되었다. 진실과 타협하려고 노력하는 동안, 역시 기억을 잃고 있던 조커를 만나게 되었다.

미스터 블룸은 범죄자들을 초인들로 변화시키고 자신의 씨앗을 제공하여 몸 안에 뿌리내리도록 이식하고 삶을 대가로 삼아 특별한 초능력을 부여했다. 이들은 고담을 점령하다시피 하여 살육을 통해 혼란을 키웠다. 심지어 새로운 배트맨인 고든마저 붙잡아 죽인 것처럼 보였다.브루스는 자신이 사랑하는 이들이 위험에 빠졌음을 깨달았다. 그리고 블룸의 공격을 직접 본 덕분에 자신의 문제에 대한 감정이 해소되었다. 알프레드는 언젠간 그 순간이 돌아올 것임을 알고 있었으나, 브루스가 웨인 저택으로 돌아와 배트케이브에 데려달라고 하자 필사적으로 막으려 했다.
그러나 강경한 의지를 꺾지 못한 그는 브루스를 배트케이브 안으로 데려갈 수밖에 없었고, 처음부터 그가 배트맨임을 알고 있었던 줄리가 뒤따라 와서 브루스를 도왔다. 사전에 마련해두었던 장치를 이용해 과거의 기억을 되찾은 브루스는 다시 배트맨이 될 수 있었다.

안티 모니터와 다크사이드가 지구에서 전쟁을 벌이면서 멀티버스에 큰 위기가 다가올 때, 뉴 갓인 메트론은 모비우스 의자 덕분에 얻은 멀티버스의 무한한 지식을 갖고 저스티스 리그를 찾아와 파멸이 임박했다며 경고하려 했다. 배트맨은 전쟁에 관한 더 많은 정보를 얻기 위해 직접 의자에 앉았고, 그렇게 함으로써 은하의 모든 답, 완전한 지식, 거의 무제한의 전능함으로 채워졌다. 그는 지식의 신이 되었다. 배트맨은 의자를 시험해보기 위해 부모의 살인자가 누구인지를 물었고, 의자가 정답을 말하자 이번엔 조커의 정체를 물었다. 그런데 의자는 조커가 세 명이라고 대답했다.

모비우스 의자로 인한 새로운 힘을 얻은 배트맨은 고담을 순찰했다. 고든이 배트 시그널을 켰지만, 배트맨은 이제 자신은 고담에서 일어나는 모든 범죄와 앞으로 일어날 모든 범죄를 알고 있기 때문에 시그널이 필요없다고 말했다. 고든은 그러한 힘을 사용하는 배트맨의 윤리에 의문을 제기했지만, 배트맨은 그를 무시하고 아직 범죄자가 되기 전의 사람들을 가혹하게 처벌했다. 배트맨은 과거에서 부모가 살해당하는 것을 막으려 했지만 범죄를 바꿀 수 없다는 것을 알게 되었다.
분노에 찬 그는 현재에 감방에 갇혀 있는 조 칠을 찾아갔다. 배트맨은 화가 나서 그 남자를 꾸짖었고, 그를 고문하기 위해 자신이 브루스 웨인임을 밝히고 텔레포트로 사라졌다. 조 칠은 정신적 충격을 받았으나 이 사실을 아무에게도 말하지 않았다. 배트맨의 힘에는 또 다른 대가가 있었다. 그는 모비우스 의자에서 벗어날 수가 없었다. 다크사이드와 안티 모니터 간의 전투가 절정에 달하자 그린 랜턴 할 조던은 배트맨에게 파워링을 주었다. 영원히 의자를 떠날 수 있는 충분한 의지력을 부여함으로써 그를 의자의 통제에서 벗어나게 하려는 필사적인 시도였다. 결국, 모든 사건이 끝나면서 해결되었다.

고담의 수호자로서 자신의 지위를 재건하던 배트맨은 새로 나타난 두 명의 초능력 히어로인 고담과 고담걸을 만나고 신뢰하기 시작했다. 그러나 이 두 명의 신입들은 휴고 스트레인지의 지시를 받은 사이코 파이럿으로부터 조종을 받게 되었다. 배트맨은 스트레인지와 사이코 파이럿이 고담 시의 범죄 수위를 낮추기 위해 아만다 월러가 고용한 이들임을 알게 되었지만, 스트레인지는 그 임무를 배신했다. 사이코 파이럿은 고담에게 분노를 불어넣어 범죄자들을 살해하게 하는 한편, 고담걸을 불안하게 만들었다. 저스티스 리그의 도움을 받은 배트맨은 고담을 저지할 수 있었지만, 고담은 자신의 과도한 능력을 견디지 못하고 죽었다.
배트맨은 고담걸을 고치도록 강요하기 위해 사이코 파이럿을 찾아다녔고, 그가 외국 산타 프리스카로 도망쳐 베인의 보호를 받고 있음을 알아냈다. 월러는 그를 데려오기 위해 배트맨에게 사실상 자살임무에 나설 이들을 모으라는 격려를 했다. 배트맨은 아캄 정신병원에서 벤트릴로퀴스트, 브론즈 타이거, 펀치와 주얼리를 데려오고, 마지막으로 237건의 살인 혐의로 붙잡혀 있던 캣우먼을 빼냈다. 이 팀은 산타 프리스카에 침입해서 사이코 파이럿을 데리고 탈출했고 배트맨은 베인을 쓰러뜨렸다. 그리고 브루스는 나중에 셀리나가 정말로 살인을 저지른 친구 홀리 로빈슨을 보호하기 위해 죄를 덮어썼다는 것을 알게 되었다. 셀리나는 브루스가 자신을 사형대에서 죽게 내버려두지 않을 것이고, 홀리의 목숨도 구할 것이라는 것을 알고 있었다.

굴욕을 느낀 베인은 복수를 위해 고담으로 돌아왔다. 그는 배트맨에게 접근하기 위해 아캄에서 수십 명의 배트맨 적들을 쓰러뜨렸고, 결국 배트맨이 베인을 또 한 번 물리쳤다. 맥스웰 로드의 음모를 막기 위해 저스티스 리그가 수어사이드 스쿼드와 협력하게 된 후, 배트맨은 히어로와 빌런을 모아 새로운 저스티스 리그 오브 아메리카를 결성했다.

어느 날, 자신이 감시 장비에 의해 감시받고 있음을 깨달은 배트맨은 고담의 다른 자경단원들도 감시받고 있다는 것을 알게 되었다. 그는 이 위협에 맞서기 위한 새로운 팀을 만들기 위해 배트우먼으로 알려진 그의 사촌 케이트 케인을 영입했다. 둘은 레드 로빈, 오펀, 스포일러, 클레이페이스로 구성된 고담 나이츠라는 젊은 히어로들을 위한 신병 훈련소를 꾸렸다.
나중에 배트윙과 아즈라엘이 추가되었다. 고담 나이츠는 배트맨을 모델로 한 군인 부대를 만든 정부기관 콜로니(Colony)와 배트맨의 범죄소탕 중에 휘말려 피해를 입은 이들이 조직한 빅팀 신디케이트, 리그 오브 어새신즈의 분파인 리그 오브 섀도우즈, 세인트 뒤마 기사단 등에 맞서 싸웠다. 배트우먼이 괴물화되어 도시를 파괴하기 직전인 클레이페이스를 죽인 뒤에 배트맨은 치명적인 무기를 사용한 것을 반대했고, 이로 인해 멤버들끼리의 의견이 분열되면서 결국 해체했다.

배트케이브 벽에 박힌 수수께끼의 버튼을 발견한 배트맨은 이것을 연구하던 도중, 사이코 파이럿의 마스크 근처에 두었을 때 버튼이 반응을 나타냈다. 이와 연관 있어 보이는 리버스 플래시가 배트케이브에 침입하여 신이라는 존재를 만났다고 주장하다가 갑자기 분해되어버렸다. 배트맨과 플래시는 누가 리버스 플래시를 죽이고 시간 흐름을 조작했는지를 밝혀내기 위해 우주 러닝머신을 사용하여 버튼의 방사선을 따라갔고, 플래시가 어머니를 구하기 위해 과거로 돌아가면서 만들어진 플래시포인트 타임라인에 도착했다. 그곳에서 브루스는 아들이 죽은 후 배트맨이 된 아버지를 만나게 되었다.
토머스 웨인은 브루스에게 배트맨이 되는 것을 그만두고 행복을 추구하라고 격려했다. 배트맨과 플래시는 무너지는 타임라인에서 탈출하여 스피드 포스에 갇혀 있던 제이 개릭의 도움으로 돌아올 수 있었다.

한동안 브루스는 인류가 시작된 이래 세상에 영향을 미치고 있다고 믿는 신비한 금속의 힘을 연구해 왔다. 그는 어느 순간 자신이 악마 바르바토스(Barbatos)에 의해 멀티버스 침공을 위한 그릇으로 선택되었다는 것을 알게 되었다. 바르바토스의 숭배자였던 올빼미 법정은 수년 동안 다크 멀티버스의 입구를 여는 데 필요한 다섯 개의 중금속 중 네 개를 브루스에게 노출시켜 왔다. 그들이 마지막 금속인 배트마늄(Batmanium)을 브루스에게 노출시키자, 이것은 브루스를 출입구로 바꾸어 바르바토스와 그의 다크 나이츠 군대가 이 세상으로 들어올 수 있게 되었다.
저스티스 리그가 다크 나이츠와 싸우는 동안, 브루스의 마음은 악몽 같은 다크 멀티버스 안에 갇혔다. 그곳에서 바르바토스는 배트맨이 인류의 여명기로 보내졌을 때 처음 그를 봤으며, 이곳으로 이끌기 위해 브루스의 삶을 다듬었다고 말했다. 슈퍼맨은 배트맨을 복구하려고 시도했지만, 그 역시도 다크 멀티버스에서 붙잡혔다. 원더우먼과 레이디 블랙호크의 도움으로 배트맨과 슈퍼맨은 구출되었다.

배트맨은 다크 나이츠의 리더인 웃는 배트맨(Batman Who Laughs)을 조커와 팀을 이루어 간신히 물리쳤다. 오버 모니터로부터는 가장 강력한 10번째 금속인 원소 X의 힘에 대해 설명을 들을 수 있었다. 모든 살아있는 인류에게 존재하는 소량의 원소 X를 통해 히어로들은 멀티버스를 정상 상태로 되돌릴 수 있었지만, 그 과정에서 멀티버스를 둘러싼 벽인 소스 월을 산산조각 냈다. 저스티스 리그가 이 모든 위협에 대비하기 위한 준비를 하자, 배트맨은 새로운 정의의 전당을 계획하고 있다고 발표했다.

플래시포인트 타임라인의 아버지의 조언과 고담걸과의 대화를 통해 브루스는 자신의 삶에 행복을 찾기로 결심했다. 그는 처음 만났을 때 셀리나가 훔쳤던 다이아몬드로 청혼했고, 셀리나는 수락했다. 브루스와 셀리나가 홀리 로빈슨을 찾기 위해 잠시 고담을 떠난 사이 알프레드는 딕, 제이슨, 듀크, 데미안에게 약혼 사실을 알렸다. 데미안은 처음에는 의심했지만 아버지의 결정을 받아들였다. 고담으로 돌아온 후, 셀리나는 브루스에게 가장 친한 친구인 슈퍼맨에게 약혼 사실을 말하라고 격려했다. 브루스, 셀리나, 클라크 켄트, 로이스 레인은 더블데이트를 했다. 범죄와의 싸움에서 벗어나 브루스와 클라크가 함께 시간을 보낸 드문 경우였다.

원더우먼은 고담에 와서 배트맨에게 젠틀맨(Gentle Man)이 제안을 받아들였다고 알렸다. 수년 전, 배트맨과 원더우먼은 지구를 다른 세계의 생명체들의 침입으로부터 끝없이 지켜낸 남자 젠틀맨을 발견하고, 그에게 하루 동안 교대해줄 테니 휴가를 즐기라고 제안했었다. 그러나 젠틀맨은 히어로들에게 그 공간에서는 시간이 다르게 흐른다고 말하지 못했다.
지구에선 몇 시간이 지났을 뿐이지만, 배트맨과 원더우먼은 몇 년간 전투를 벌이며 지내야 했다. 배트맨과 원더우먼은 오랜 세월을 함께 지내며 서로의 매력에 빠졌지만 각자의 연인을 생각하고 자제했다. 시간의 속도가 다르다는 것을 들은 캣우먼은 아내를 만난 젠틀맨에게 빨리 돌아가서 교대하도록 강요했다.

포이즌 아이비는 지구 전체에 평화를 심어주고 인간에 의한 파괴로부터 지구를 보호하기 위해, 식물을 조종하는 능력으로 전 인류의 마음을 통제하고 조화롭게 살도록 강요했다. 배트맨이 자신과 캣우먼에게 해독제를 주입했기에, 둘만이 영향을 받지 않았다. 두 사람은 아이비의 통제력을 무너뜨리기 위해 할리 퀸을 잡았다. 계획대로 두 여성이 재결합하자 아이비는 인류에 대한 통제를 포기했다.
시간여행 히어로 부스터 골드는 배트맨에게 결혼 선물로 브루스의 부모가 살아남은 대체 현실을 만들기로 결정했다. 하지만, 타임라인을 바꾸자 어두운 현실이 펼쳐졌고, 부스터는 그곳에서 2년 동안 갇혀버렸다. 결국 다시 고치는데 성공한 그는 배트맨에게 이 일을 말했지만, 그 사건으로 인해 영구적으로 상처를 입었다.

배트맨과 캣우먼이 결혼한다는 것을 들은 조커는 결혼식을 망칠 무대를 마련했다. 한 성당에서 인질을 잡은 그는 배트맨에게 자신이 꾸민 모의 예식장에서 함께 놀도록 강요했다. 배트맨이 오지 말아달라고 부탁했음에도 캣우먼이 도착해 배트맨을 대신해 조커를 물리쳤다. 조커는 계획의 일환으로, 자신이 피를 흘리며 죽도록 내버려둘 수 있는 기회를 캣우먼에게 주었지만, 캣우먼은 이를 거절하고 적극적으로 그의 생명을 구했다. 그러나 배트맨이 행복한 결혼생활을 하고 있다면 더 이상 배트맨이 아닐지도 모른다는, 조커가 남긴 의심을 품게 되었다.
그 후, 카이트맨과 싸우는 동안, 배트맨은 캣우먼에게 지금 이 핑거 타워 꼭대기에서 결혼식을 올리자고 제안했다. 너무 취해서 이들의 신원을 잊어버린 판사에게 결혼식 주례를 맡기고, 브루스는 알프레드를 신랑 들러리 겸 증인으로 삼았다. 셀리나는 홀리 로빈슨을 감옥에서 풀어주고 자신의 들러리 겸 증인으로 서게 했다. 모든 것이 계획대로 진행되면서, 브루스는 잠시 결혼을 재고했지만 약간의 생각 끝에 알프레드에게 준비가 되었다고 자신 있게 말했다. 한편, 홀리는 배트맨이 결혼을 망칠 것이라는 셀리나의 두려움을 계속 자극했다. 그날 새벽, 결혼식의 모든 준비가 끝났지만 셀리나는 나타나지 않았다. 두려움에 굴복한 셀리나는 결혼을 하지 않는 것이 최선이라고 믿었다.

아캄으로 돌아온 홀리 로빈슨은 베인에게 결혼식을 성공적으로 막았다고 보고했다. 지난 몇 달간의 모든 사건들은 베인이 배트맨을 정신적으로 감정적으로 부숴버리기 위해 꾸민 것이었다. 배트맨은 캣우먼에게 버림받은 후 평소보다 더 우울해졌다. 이 우울한 상태에서, 세 명의 여성을 살해한 혐의를 받고 있던 미스터 프리즈를 잔인하게 뒤쫓아 자백할 때까지 무자비하게 때렸다. 프리즈의 사건이 재판에 회부되었을 때, 공교롭게도 브루스 웨인은 배심원 자격으로 출석하라는 명령을 받았다. 사건이 진행되는 동안, 브루스는 프리즈가 무죄이며 자신이 실수를 저질렀다는 것을 깨달았고, 나머지 배심원들에게 배트맨의 증거가 신빙성이 없다는 것을 납득시켜야 했다.
그는 카리스마 있게 배트맨의 증거를 반박하면서 배심원단이 프리즈를 무죄로 인정하도록 설득했다. 그 후, 새로운 출발이 필요했던 배트맨은 더 이상 캣우먼이 자신을 버리고 떠난 옷을 입고 싶지 않다며 옛 수트 중 하나를 입기 시작했다.

조커는 웃는 배트맨이 그의 세계의 조커의 목을 부러뜨렸을 때 활성화 된 화학물질 때문에 그렇게 된 것을 알고, 이와 같은 화학물질을 활성화시키기 위해 배트맨 앞에서 자신의 심장을 쐈다. 알프레드가 조커를 소생시킬 수 있었지만, 계획대로 배트맨이 일시적으로 감염되어 사악한 인물이 되었다. 하지만, 멀티버스의 브루스 웨인들을 이용하여 독소를 극복하는데 성공했고 심지어 웃는 배트맨까지 물리쳤다.

브루스가 배심원 임무를 맡는 동안 딕 그레이슨이 그를 대신해서 배트맨 역할을 맡았었다. 재판이 끝난 후, 딕은 고담으로 영구 복귀하는 것에 관심을 보였다. 하지만, 배트맨을 꺾기 위한 베인의 계획의 일환으로, KG비스트가 딕의 머리를 저격했다. 뇌가 손상된 딕은 목숨은 건졌지만 완전한 기억상실증에 걸렸다. 격노한 배트맨은 북부 외딴 곳까지 KG비스트를 추적하여 그를 기절시키고 혹독한 툰드라 지역에 버려두었다.
고담으로 돌아온 배트맨은 펭귄으로부터 연락을 받았다. 펭귄은 결혼식, 이별, 나이트윙의 총격 등 모든 일의 배후에 베인이 있다고 알렸다. 그가 가장 아끼는 펭귄을 베인이 죽이자, 펭귄은 그의 계획에서 벗어나기로 결심했다.
그 정보를 믿은 배트맨은 아캄에 들어가 결백을 주장하는 베인을 구타했다. 심지어 말리려는 고든에게까지 주먹질을 했다. 고든은 배트맨과 완전히 관계를 끊기로 결심하고 야구배트로 배트 시그널을 파괴했다. 답을 찾는 과정에서 배트맨은 베인에 의해 잡혔고, 베인은 스케어크로우가 고안한 멈추지 않는 현실적인 악몽 유발 기계에 그를 연결시켰다. 많은 감정적이고 끔찍한 시나리오가 끝난 후, 배트맨은 기계에서 벗어나서 아캄을 나오려고 애썼다. 그러나, 몇 시간 후에 아캄으로 돌아온 배트맨의 동료들은 배트맨이 탈출한 증거를 발견하지 못했고, 이로 인해 그가 제정신인지 의심하게 되었다.

서부에서 급격히 늘어난 메타휴먼들 때문에 시민들은 미국 정부가 적극적으로 그런 존재들을 만들어내고 있다는 “슈퍼맨 이론”이라는 음모론이 퍼졌고, 이로 인해 정치적 긴장까지 고조되었다. 배트맨도 그의 행위가 견제받지 않는다고 느낀 활동가들에 의해 항의의 대상이 되었다. 동시에, 웨인 엔터프라이즈는 재정적으로 어려움을 겪게 되어 렉스코프에 인수될 위기에 처했다. 이런 시기에, 다른 차원에서 온 인물들이 고담에 도착하여 그들의 지구를 구해줄 닥터 맨해튼을 찾고 있었다. 그들 중 2대 로어셰크는 도움을 청하기 위해 배트맨에게 연락을 취했고, 배트케이브를 찾자마자 자신들이 처한 상황을 더 잘 설명하기 위해 원래의 로어셰크의 일기장을 보여주었다. 일기를 읽은 배트맨은 모든 이야기가 미친 짓이라고 판단하고 로어셰크를 속여 아캄 정신병원에 가둬버렸다.
그러나 배트맨은 이 이야기들이 사실이라는 것을 알게 되었고, 로어셰크를 데려온 오지만디아스와 만났다. 오지만디아스는 배트맨이 자신들에게 필요없다고 생각해 배트맨 반대 시위대에게 던져버렸다. 시위대는 배트맨을 죽이기 위해 조커에게 데려갔지만, 아캄에서 탈출한 새턴걸과 로어셰크가 그를 구했다. 정치적 긴장이 고조되면서 각국 정부들과 서로 대립하고 있는 가운데, 배트맨은 닥터 맨해튼이 이 세계도 구할 수 있다는 희망으로 오지만디아스 일행을 도왔다. 배트맨은 특히 미국이 러시아에 대해 과잉 반응하여 핵무기를 발사하는 것을 막았다. 닥터 맨해튼은 이 세계의 타임라인을 바꾼 자신의 역할을 인정했고, 슈퍼맨의 변함없는 선함에 영감을 받아 타임라인을 다시 설정해 자신이 가한 손상을 최대한 복구하고 오지만디아스 일행을 원래의 세계로 데려갔다.

육체적, 감정적으로 지친 브루스는 베인을 찾기 위해 웨인 저택으로 돌아왔다. 베인 옆에 서 있는 그의 공모자는 놀랍게도 플래시포인트 타임라인의 토머스 웨인이었고, 알프레드는 포로로 잡혀 있었다. 또 다른 싸움에 대비하지 못한 배트맨은 알프레드가 자비를 간청하는 동안 베인에 의해 중상을 입었다. 의식불명 상태에서 깨어났을 때, 토머스가 자신을 사막으로 끌고 온 것을 발견했다. 토머스는 아내 마사를 부활시키기 위해 시신을 데리고 함께 라자러스 웅덩이로 가는 길이었다고 밝혔다. 두 사람은 내내 서로 다투며 라자러스 웅덩이에 도착했는데, 이때 브루스는 토머스 몰래 마사의 시신을 사막에 묻었다고 폭로했다. 두 사람은 격노하여 싸웠고, 아침이 되자 토머스만이 웅덩이에서 빠져나와 고담으로 돌아왔다.

도시를 장악한 베인은 모든 빌런들을 풀어주고 그들을 새로운 디스토피아의 경찰로 임명했다. 베인이 배트맨 패밀리가 고담으로 돌아오면 알프레드를 죽이겠다고 위협했으므로, 배트맨 패밀리는 대혼란을 막을 힘이 없었다. 한편 브루스는 황무지에서 죽어가고 있었으나, 셀리나가 그를 발견해 파리에 있는 아파트로 데려와 간호했다.
베인의 경고를 무시한 데미안은 혼자서 고담에 몰래 들어갔다. 그러나 곧 붙잡혔고, 베인은 데미안의 눈앞에서 알프레드를 죽인 뒤에 이번엔 데미안을 인질로 삼았다. 셀리나 덕분에 충분히 회복한 브루스는 고담으로 돌아가 베인으로부터 도시를 구해야 한다고 설득했다. 망설이던 셀리나는 그를 따라 나섰으며, 함께 파리에서 보낸 시간은 그들의 관계를 되살리는 데 도움이 되었다.

고담으로 돌아온 배트맨은 클레이페이스와 팀을 이뤄 베인이 풀어준 빌런들을 모두 쓰러뜨렸다. 동시에, 배트맨 패밀리는 데미안을 구하려고 했지만, 모두 토머스에게 패배했다. 배트맨은 장비나 도움 없이 베인과 일대일로 맞섰다. 배트맨은 속임수를 써서 베인을 제압했지만, 그를 꺾기 전에 토머스가 모두를 배신하고 의식을 잃게 만들었다.
브루스가 깨어났을 때, 토머스는 알프레드의 짓밟힌 시신을 보여주었다. 감정적으로 망가뜨려 “아들”이 배트맨이 되는 것을 포기하게 만들기 위한 심산이었다. 그러나 알프레드의 죽음은 브루스에게 다른 현실의 아버지를 공격하도록 힘을 실어주었다. 힘든 싸움 끝에 브루스는 토머스를 이기고 자신의 아버지가 아니라고 말했다.

배트맨은 토탈리티(Totality)를 위한 첫 번째 전투에서, 그 힘으로부터 자신을 지키기 위해 축소되어 슈퍼맨의 몸속에 숨었다. 그리고 마찬가지로 축소되어 슈퍼맨의 몸 안에 침투한 렉스 루터와 싸웠다. 그러나 렉스는 이미 가지고 있던 토탈리티의 조각 덕분에 힘을 얻어 배트맨의 팔다리를 몽땅 부러뜨렸다. 지구 전 지역이 바다 속으로 가라앉게 될 때, 배트맨은 리전 오브 둠의 공격에 맞서 홀로 정의의 전당을 지키려 했으나 결국 패하고 토탈리티를 빼앗겼다.
저스티스 리그가 6차원으로 원정을 갔을 때, 배트맨은 월드 포저(World Forger)를 속여 다크 나이트의 동료라고 믿게 했고, 슈퍼맨에게 자신을 풀어주고 알페우스의 행동에 대항할 기회를 주었다. 배트맨은 그 후 월드 포저를 리그에 합류하도록 설득했다. 지구로 돌아온 배트맨은 원더우먼, 슈퍼맨과 함께 미래로 가서 에이펙스 프레데이터로 변신한 렉스를 상대로 마지막 노력을 기울였다. 그들은 미래의 몇몇 저스티스 리그의 도움을 받아 승리할 수 있었고, 잃어버린 토탈리티의 일부를 되찾았다. 배트맨은 변화한 전당에서 렉스와 싸웠지만 멀티버스를 창조한 퍼페추아(Perpetua)가 완전한 각성을 하는 바람에 리그가 패배했다. 우주의 여섯 현자인 퀸테즌스(Quintessence)에 의해 이송된 배트맨은 퍼페추아를 무찌르기 위한 리더 자격으로서 임무를 맡았지만, 또 실패했다. 지구로 돌아온 그들은 자신들의 집이 웃는 배트맨의 메탈버스(Metalverse)로 바뀐 것을 발견했다.

배트맨은 슈퍼히어로들의 비밀 묘지인 발할라 묘지에 숨어서 블랙 랜턴 링으로 되살릴 히어로들을 선별하고 있었다. 이들을 이용하여 새로운 지구를 건설하여 가능한 한 사람들만 구할 계획이었다. 그를 찾아온 원더우먼은 다크 멀티버스와 첫 번째 크라이시스 때로 가서 퍼페추아가 가져간 에너지를 훔쳐 함께 새로운 멀티버스를 만들자는 계획을 밝혔으나, 배트맨은 일어난 모든 일에 대해 자신을 탓하고 원더우먼이 자신과 같은 실수를 할 것이라고 생각하기 때문에 동참을 거부했다. 이러는 사이, 웃는 배트맨은 닥터 맨해튼의 힘을 기반으로 한 에너지 형태인 다키스트 나이트로 변화했다. 그는 히어로들이 멀티버스를 다시 만들 계획인 것을 알고 있었다.
결국 배트맨은 배리 앨런, 조나 헥스, 할리 퀸과 함께 원더우먼을 따라 토이마스터의 작업장으로 가서 그의 스텔스 우주선을 타고 뉴 아포콜립스(DC 히어로들의 감옥)로 향했다. 그곳에선 다크파더의 감시 아래, 슈퍼맨이 크립토나이트를 방출하는 기계로 고문을 받고 있었다. 다크파더는 슈퍼맨을 구출하려는 배트맨을 역사에서 지워버리려고 다크사이드의 오메가 처벌과 같은 총을 쏘려 했으나, 슈퍼맨이 블랙 랜턴 링의 보호를 받아 기계에서 탈출하고 다크파더를 우주로 날려버렸다. 다른 히어로들을 구한 뒤, 원더우먼은 아기 스타로인 자로를 이용해 다크 나이츠의 눈을 피해 모든 현실을 구하겠다는 계획을 밝혔다.

슈퍼맨, 배트맨, 원더우먼은 멀티버스를 다시 시작하는 데 필요한 에너지를 얻기 위해, 3대 크라이시스 당시로 돌아가기로 했다. 배트맨은 첫 번째 크라이시스를 방문했으나 다크 버전에 갇혔다. 원더우먼의 부탁으로 슈퍼보이-프라임이 크라이시스 세계를 산산조각내어 배트맨과 슈퍼맨을 구하고 모든 에너지를 월리 웨스트에게 보냈으나, 작동하지 않았다.
다키스트 나이트와 퍼페추아 간의 전투가 시작되자, 렉스 루터는 히어로들에게 열 번째 금속을 보여주었다. 그리고 자신이 만든 현실의 중심을 들여다볼 수 있는 기계를 사용하면 타임라인의 매듭을 제거하고 모든 잃어버린 기억을 되돌릴 수 있으며, 다키스트 나이트와 싸우는데 필요한 안티 크라이시스 에너지를 얻을 수 있음을 밝혔다. 원더우먼이 자신이 머뭇거리는 바람에 리그가 퍼페추아에게 졌다는 것을 깨닫자, 배트맨은 자신이 블랙 랜턴 링을 사용할 수 있는 것은 자신이 죽었기 때문이라고 고백했다. 슈퍼맨은 자신이 다크사이드로 변하는 것을 멈출 수 없다고 말했다.
그럼에도 셋은 이 싸움을 그만둘 수 없다는 의지를 다지고, 각자의 역할에 나섰다. 배트맨은 죽은 히어로들과 빌런들을 블랙 랜턴으로 되살리고, 살아있는 히어로들과 빌런들까지 모아 다키스트 나이트의 군대에 맞섰다. 심지어 웃는 배트맨조차 블랙 랜턴으로 만들어 함께 싸우게 만들었다.

다키스트 나이트는 퍼페추아를 죽이고 지구 0의 공격에 나섰다. 원더우먼은 거대한 신의 존재가 되어 다키스트 나이트를 태양속으로 밀어 넣어 죽였다. 원더우먼은 핸즈(Hands)라는 우주 존재들을 따라 승천했고, 멀티버스는 복원되었다. 지구에서 전투를 도운 모든 히어로와 빌런들이 축하하는 대규모 파티를 개최하는 동안, 배트맨을 비롯한 몇몇 히어로와 빌런들은 새롭게 재구성된 옴니버스를 조사하고 감시하기 위해 우주정거장에 모였다. 이제 지구 0은 더 이상 멀티버스의 중심이 아니게 되었다.

알프레드를 잃은 상실감에서 회복하는 동안, 배트맨은 디자이너라는 이름의 슈퍼빌런과 관련해 수년간 지속되어 온 범죄 음모에 말려들었다. 동시에 디자이너의 원대한 계획의 일환으로 자신을 쫓는 다섯 명의 암살자들과 싸워야 했다. 리들러 또한 고담에 대한 공격을 펼쳤는데, 배트맨은 재빨리 암살자 대부분을 제거하고 데스스트록, 캣우먼, 할리 퀸과 팀을 이루어 리들러를 물리쳤다. 조커는 이 모든 것을 통해 배트맨 패밀리에 대한 음모를 꾸미고 있었고, 그들의 정체 또한 다시 알게 되었다. 배트맨이 디자이너를 추적한 후, 조커가 모든 사람을 조종해가며 연기하고 있다는 것이 밝혀졌다.
새로운 사이드킥인 펀치라인과 함께 음모를 펼치고 있었고, 조커 폭도들을 떼로 내보내 도시를 점령했다. 또한 알프레드와 그의 부모의 목이 부러진 환상을 보게 하는 독소를 배트맨에게 주사했다. 캣우먼을 위해 고안된 디자이너의 작전을 사용하여, 조커는 웨인 가의 재산을 훔쳐 자신을 부자로 만들었다. 디자이너가 갖고 있던 시신의 생명을 되살리는 공식을 사용하여 배트맨과 할리를 공격하려는 목적으로 죽은 사람들을 좀비로 되살리기도 했다. 그러면서 브루스의 재산을 여기저기에서 쓰면서 낭비하고 있었다.

배트맨과 할리는 나머지 배트맨 패밀리와 만나는데 성공한 뒤, 작전을 세웠다. 그리고 기억의 많은 부분을 되찾은 딕에게 나이트윙 코스튬을 다시 돌려주었다. 마침내, 배트맨은 에이스 화학에서 조커와 마지막 대결을 시작했다. 조커는 알프레드의 시신을 좀비로 부활시켰고, 배트맨은 그 광경에 감정적으로 무너졌지만 배트맨 스타일을 한 조커와 싸울 수밖에 없었다. 조커가 배트맨의 장비를 이용해 배트맨을 제압하고 해치려던 찰나, 할리 퀸이 나타나 눈에다 총을 쐈다.
그 다음 자신과 조커에게 폭탄을 묶은 할리는 배트맨에게 둘 중 어느 쪽을 시간 안에 구할지 결정하도록 강요했다. 배트맨은 조커를 죽게 내버려둔 채 할리를 선택했고, 이 결정에 조커는 놀랐다. 그러나 나중에 배트맨은 조커의 폭탄이 해제되었다는 것을 발견했고, 조커가 배트맨 장비를 사용해 달아났다고 추정했다. 그리고 알프레드의 시신을 가족들과 함께 다시 묻었다.

서로의 영역에 관여하지 않기로 약속했던 고스트 메이커는 배트맨의 방식에 실망했다면서 자신이 새로운 고담의 수호자가 되겠다며 행동에 나섰다. 그는 클라운헌터(Clownhunter)라는 청소년 자경단원이 민간인들을 위험에 빠뜨리고 있다는 이유로 죽이려 들었다. 소년이 할리 퀸의 아파트를 폭파시키려고 했을 때, 고스트 메이커가 나타났고 배트맨 역시 클라운헌터를 구하러 왔다. 클라운헌터를 갱생시키겠다는 발언에 실망한 고스트 메이커는 배트맨뿐 아니라, 할리와 클라운헌터를 함께 붙잡아 아캄 정신병원에 가두었다. 배트맨과 할리는 침대에 묶여 있었고, 클라운헌터만 묶여있지 않아서 그가 할리를 죽이는 것을 그저 지켜볼 수밖에 없었다. 하지만 결국 클라운헌터가 죽이려는 마음을 접었다.
배트맨은 고스트 메이커에게 모든 사람을 구할 수는 없지만, 할리와 클라운헌터와 같은 사람들을 더 나아지고 변화시키기 위해 돌볼 수 있다고 말했다. 수 년 동안 사람들을 재활시키는 데 성공했던 것을 강조하면서, 고스트 메이커에게 고담에서 자신을 도와달라고 부탁했다. 고스트 메이커는 살인하지 않겠다는 약속을 하고 배트맨의 부탁을 받아들였다.
 
덧붙임
배트맨과 슈퍼맨은 서로를 가장 친한 친구라고 생각하고 있다.
브루스는 매주 부모의 묘소를 방문한다.
배트맨 코스튬
히어로스타 홈으로